De Universiteit Utrecht heeft twee bestuurslagen in haar hoofdstructuur: het universitaire niveau en het niveau van de diensten en faculteiten. De bestuursstructuur van de Universiteit Utrecht is vastgelegd in een aantal specifieke regelingen, waaronder het bestuurs- en beheersreglement.

Organogram Universiteit Utrecht

College van Bestuur

Het College van Bestuur is het hoogste bestuursorgaan van de Universiteit Utrecht. De leden worden door de Raad van Toezicht benoemd.

Raad van Toezicht

De Raad van Toezicht is het, bij wet voorgeschreven, toezichthoudend orgaan van de Universiteit Utrecht. Het College van Bestuur behoeft onder andere goedkeuring van de raad voor het Strategisch Plan, het Jaarverslag en de Jaarrekening.

Universitaire diensten

De Universitaire diensten bestaan uit de Universitaire bestuursdienst (UBD) en de Universiteitsbibliotheek (UB). Binnen de Bestuursdienst werken zes directies samen met de Algemene Directie aan de geïntegreerde ondersteuning van het college van bestuur. De Universiteitsbibliotheek verleent diensten op het gebied van informatievoorziening voor onderwijs en onderzoek aan studenten en medewerkers. 

Faculteiten

De Universiteit Utrecht heeft zeven faculteiten waar onderwijs en onderzoek plaatsvindt op het gebied van de geesteswetenschappen, sociale wetenschappen, recht, economie, bestuur en organisatie, geowetenschappen, bètawetenschappen, diergeneeskunde en geneeskunde. 

Medezeggenschap

Voor beide bestuursniveaus geldt dat er formele medezeggenschapsorganen ingesteld zijn. De universiteit hecht veel belang aan deze betrokkenheid van medewerkers en studenten.