De primaire taken van de faculteit zijn onderwijs, onderzoek en patiëntenzorg. Deze taken worden uitgevoerd door acht departementen (waaronder een interfacultair instituut). Daarnaast maakt het Gemeenschappelijk Dierenlaboratorium deel uit van de faculteit.
De algehele leiding over de faculteit berust bij de decaan. Deze wordt daarbij ondersteund door een bestuursteam. Daarin zijn de onderwijsorganisatie, de onderzoekorganisatie en de bedrijfsvoering van de faculteit vertegenwoordigd met de betreffende vicedecanen/directeuren.
De medezeggenschap is op facultair niveau geregeld middels de Faculteitsraad. Voor onderwijsaangelegenheden van de Bachelor respectievelijk de Master Diergeneeskunde is er een Opleidingscommissie ingesteld.
De structuur van de faculteit is vastgelegd in het Reglement van de faculteit Diergeneeskunde.