Het departement Infectieziekten en Immunologie bestaat uit twee afdelingen, t.w. de afdeling Klinische Infectiologie en de afdeling Moleculaire Infectiologie.

De afdeling Klinische Infectiologie heeft tot taak het verzorgen van onderwijs en het verrichten van toegepast onderzoek op het gebied van de klinische virologie, klinische parasitologie en klinische bacteriologie. Daarnaast worden specialisten Veterinaire Microbiologie opgeleid. Ten behoeve van deze kerntaken bestaat een laboratorium voor klinisch microbiologische diagnostiek. Aan het hoofd van de afdeling staat prof.dr. J.A. Wagenaar.

De afdeling Moleculaire Infectiologie is ingedeeld naar vakdiscipline. Deze afdeling heeft tot taak het verzorgen van onderwijs en het verrichten van onderzoek op het gebied van de biologie en preventie van infectieziekten en immuunziekten. De afdeling bestaat uit vier divisies onder leiding van een leerstoelhouder:

divisie Virologie: prof. dr. F.J.M. van Kuppeveld
divisie Immunologie: prof. dr. W. van Eden
divisie Infectiebiologie: prof. dr. J.P.M. van Putten
divisie Moleculaire Afweer: prof. dr. H.P. Haagsman (tevens voorzitter van het departement)

Managementteam
Prof. dr. H.P. Haagsman (voorzitter)
Drs. L.C. van der Kaaden (manager bedrijfsvoering)