In de researchkassen vindt nog steeds onderzoek plaats, vooral voor de leerstoelgroepen Landschapsecologie en Plantenecologie & Biodiversiteit. Zo wordt momenteel bijvoorbeeld onderzoek gedaan naar de reactie op overstuiving door zand van een Alsemsoort uit de steppen van Mongolië. Ook wordt door middel van het plaatsen van koolwitjesrupsen gekeken hoe Zandraket (Arabidopsis thaliana) zich verdedigt. Tabaksplanten worden gekweekt voor genetisch onderzoek. De (proef)kweek van een Ficus-soort uit Frans-Guyana is bij ons zo succesvol gebleken, dat zelfs bekeken wordt of deze soort te gebruiken is voor herbebossing in zijn oorspronkelijke verspreidingsgebied.

Door het LPP (Laboratory for Palaeobotany and Palynology) verbonden aan de UU wordt in de researchkassen onder meer onderzoek gedaan naar een minuscuul kroosvarentje, Azolla, met grote potentie als landbouwgewas (of liever waterbouwgewas). http://lpp-foundation.nl/azolla/

Buiten loopt onder andere een onderzoeksproject aan competitiegedrag bij Ganzerik (Potentilla spp.). Van enkele soorten Zuring (Rumex spp.) uit de kwekerij wordt zaad geoogst om verder onderzoek te ondergaan in het Kruytgebouw. 
Dit zijn slechts een paar voorbeelden. Ieder jaar zijn er weer nieuwe proeven, waarvoor planten en condities nodig zijn die door en voor de wetenschappers in de tuin gecreëerd worden.
Eric Gouda, één van de conservatoren van de tuin, doet taxonomisch onderzoek aan de specialisatie-collectie Bromeliaceae. Externe onderzoekers werken aan diverse andere collecties.