Promotie Wim de Jonge: Transcription regulation dynamics

Op 3 september verdedigt Willem Jozef de Jonge zijn proefschrift, getiteld Transcription regulation dynamics.

Samenvatting promotieonderzoek

DNA is belangrijk voor al het leven omdat het de genetische informatie van cellen bevat. Deze informatie is gecodeerd in stukken DNA die we genen noemen, welke gekopieerd kunnen worden in RNA in een proces dat transcriptie wordt genoemd. RNA kan vervolgens vertaald worden in eiwitten die specifieke functies in de cel uitoefenen. Welke genen getranscribeerd worden verandert continue en genen worden constant aan- en uitgezet. Transcriptie is dus een zeer dynamisch proces dat gereguleerd wordt door zogenaamde transcriptiefactoren (TF), die dynamisch aan DNA binden. In dit proefschrift hebben we de dynamiek van transcriptieregulatie bestudeerd. Als eerste werd de dynamische respons op het binden van dezelfde TF op twee verschillende groepen genen onderzocht. Dit liet zien dat deze groepen genen anders reageren op basis van de moleculaire eigenschappen van deze genen. Vervolgens hebben we een nieuwe methode ontwikkeld om een aspect van bindingsdynamiek, de off-rate, op alle genomische bindingsplekken tegelijkertijd te meten. Voor deze methode werden eerst bijna alle stappen van een protocol om TF-DNA binding te meten geoptimaliseerd voor kwantitatieve vergelijkingen. Met deze methode, genaamd DIVORSEQ, hebben we een breed bereik aan off-rates voor de TF Abf1 bepaald. Door de off-rates te analyseren in de context van de verschillende functies van Abf1, laten we zien hoe verschillen in bindingsdynamiek van dezelfde TF kan bijdragen aan verschillende aspecten van de functie van deze TF. Tezamen benadrukken deze resultaten het belang van het meten van TF-DNA bindingsdynamiek voor het begrijpen van transcriptieregulatie.