19e-20e eeuw: De moderne Universiteit Utrecht
In het laatste kwart van de negentiende eeuw stagneerde de natuurwetenschap in Utrecht. De Universiteit Utrecht had meer geld nodig om goed te kunnen functioneren, maar de overheid zat krap bij kas. De regering dacht er zelfs over om de Rijksuniversiteit Utrecht te sluiten om andere universiteiten meer lucht te geven. Investeringen in personeel, gebouwen en apparatuur bleven in Utrecht daarom enige tijd uit. Daardoor was het moeilijk om topwetenschappers aan de universiteit te binden. Alleen met de bouw van het nieuwe Stads- en Academisch Ziekenhuis aan de Catharijnesingel (1872) kon de Universiteit Utrecht ten dele haar ambitie waarmaken.
Intussen hadden de eerste vrouwelijke studenten hun intrede gedaan. Catharine van Tussenbroek was in 1880 de eerste van deze Utrechtse studentes. In 1915 was meer dan een kwart van de studenten vrouw. Deze revolutie voltrok zich veel langzamer in het docentencorps.
De eerste Nederlandse vrouwelijke hoogleraar, Johanna Westerdijk, werd weliswaar in 1916 in Utrecht benoemd, ze bleef de enige in die positie in de Domstad tot na Tweede Wereldoorlog.
De fytopatholoog Westerdijk was één van de talrijke befaamde wetenschappers die Utrecht na 1900 telde. Een nieuwe periode van bloei begon met geleerden als de fysioloog-medicus Hubrecht, juristen als Hamaker en Molengraaff, historici als Kernkamp en Geyl, natuurwetenschappers als Magnus en Minnaert en godgeleerden als Van Unnik. In 1929 ontving Christiaan Eykman als eerste Utrechter de Nobelprijs.
In 1925 ontstond een zesde faculteit, toen de veeartsenijkundige hogeschool met de Universiteit Utrecht fuseerde. Dat wees er al op dat steeds meer specialisaties en nieuwe studies zich aandienden bij de Utrechtse universiteit. Na de Tweede Wereldoorlog verzelfstandigden de aardwetenschappen, de biologie en de scheikunde zich bijvoorbeeld en ontstond een faculteit der sociale wetenschappen.
Het aantal studenten nam intussen enorm toe: van ca. 800 in 1900, bijna 3000 aan het eind van de jaren ‘30 en ongeveer 23.000 in het jaar 2000, naar 29.000 nu. De Universiteit Utrecht is inmiddels niet alleen een van de oudste, maar ook een van de grootste universiteiten van Nederland.
Ook in geografisch en architectonisch opzicht is er vanaf de jaren '60 veel veranderd met de vestiging van een deel van de faculteiten, de bibliotheek, het academisch ziekenhuis en de diensten op De Uithof. Wetenschap is in de twintigste eeuw “big science” geworden, waar voor een deel in teamverband wordt gewerkt en waar grote investeringen voor nodig zijn. Hoewel de overheid nog steeds de belangrijkste partner is, is de Universiteit Utrecht sinds de Tweede Wereldoorlog steeds verder verzelfstandigd tot een zichzelf besturende organisatie.