Vanaf het begin van zijn loopbaan richt het onderzoek van Prof. van den Hout zich voornamelijk op ontstaan, voortbestaan en behandeling van angststoornissen. Het onderzoek is in overwegende mate experimenteel van aard en ligt op het grensgebied van de klinische psychologie en de functieleer. Sinds zijn komst naar de UU, in 2004, deed hij, met genereuze steun van NW0 vooral onderzoek naar de obsessief-compulsieve stoornis en naar de vraag hoe EMDR, een veel toegepaste techniek voor de behandeling van psychotrauma, precies werkt. Voor dit onderzoek ontving hij, samen met zijn collega proximus, Prof Engelhard (UU), in 2010 de ‘ outstanding Research in EMDR award’ en in 2013 een prestigeuze TOP subsidie van ZON-MW.