Theo van Haeften werd in 2000 aangesteld als universitair docent bij het departement Biochemie en Celbiologie, sectie Celbiologie. Momenteel is hij universitair hoofddocent en is zijn hoofdtaak het verzorgen van onderwijs in de bachelor en master Diergeneeskunde en onderwijsinnovatie. In 2020 werd hij Senior Fellow in het Centre for Academic Teaching van de Universiteit Utrecht.