Bastiaan Bouwman is historicus op het gebied van de internationale betrekkingen in de twintigste eeuw. Zijn onderzoek spitst zich toe op de thema's mensenrechten, humanitarisme, en vluchtelingen, in de context van de Koude Oorlog, dekolonisatie, en globalisering. Op basis van bronnen van niet alleen statelijke maar ook niet-gouvernementele, intergouvernementele en andere oorsprong analyseert hij hoe de verhouding tussen politiek en moraliteit zich historisch heeft ontwikkeld, tot vandaag de dag aan toe.

Zijn eerste boekproject, From Liberalism to Liberation: The World Council of Churches and the Postwar Politics of Human Rights (onder voorbehoud), toont hoe de internationale oecumenische beweging de ontwikkeling van mensenrechten van de jaren '40 tot de jaren '70 beïnvloedde. Terwijl de opkomst van mensenrechten meestal wordt gezien (en gevierd) als een triomf van seculiere, universele moraliteit, laat het boek zien hoe protestantse kerken het concept gebruikten om christelijke doelstellingen te bevorderen. Het boek bestrijdt echter eveneens het beeld van een statische verhouding tussen christelijk conservatisme en mensenrechten, door te tonen hoe de oriëntering van de Wereldraad van Kerken van de jaren '40 tot de jaren '70 dramatisch veranderde. Terwijl de oecumenische kerken in eerste instantie een visie aanhingen die aansloot bij naoorlogs liberaal internationalisme, vooral op Anglo-Amerikaanse leest geschoeid, stonden zij in de jaren '70 een radicale politiek voor, die zich richtte op de 'bevrijding' van onderdrukte groepen in de gehele wereld. Het boek laat dan ook zien hoe veranderlijk het begrip mensenrechten historisch is geweest, en plaatst zo de huidige strubbelingen omtrent mensenrechten in een nieuw daglicht.

Als postdoctoraal onderzoeker aan Princeton University, de Freie Universität Berlin, en het German Historical Institute in Washington, DC heeft Bastiaan ook voorbereidend onderzoek gedaan naar de geschiedenis van vluchtelingen. Zijn nieuwe onderzoek op dit gebied richt zich op de ontwikkeling van vluchtelingenrechten in de decennia na de Tweede Wereldoorlog. Als organisator van de internationale conferentie 'Refugees and the (Global) Cold War', aan de Freie Universität in 2021, interesseert hij zich ook bijzonder voor de verhouding tussen Koude Oorlog en vluchtelingenpolitiek. Bastiaans werk is gepubliceerd in onder meer het Journal of Global History, Bijdragen en Mededelingen betreffende de Geschiedenis der Nederlanden, en Contemporary European History, dat hem in 2021 'Honorable Mention' toekende voor de jaarlijkse Contemporary European History Prize.