Matthijs Jonker bestudeert de transculturele en trans-Atlantische productie en circulatie van kennis in de vroegmoderne periode, in het bijzonder de functies van afbeeldingen en illustraties in deze kennisproductie en -circulatie in (hedendaags) Mexico, Italië en Spanje.
 
Eerder was hij Hoofd Kunstgeschiedenis en Cultuurwetenschappen aan het Koninklijk Nederlands Instituut Rome en Postdoc Fellow op de Bibliotheca Hertziana – Max-Planck-Institut für Kunstgeschichte in Rome (BHMPI), waar hij zijn huidige onderzoeksproject is begonnen. 
 
Matthijs Jonker begon zijn loopbaan aan de Universiteit van Amsterdam en schreef daar een proefschrift over de academisering van de kunst in Italië in de zestiende en zeventiende eeuw: The Academization of Art: The Early Histories of the Accademia del Disegno and the Accademia di San Luca.

Samen met dr. Katherine Reinhart werkt hij momenteel aan de voltooiing van een bundel over de visuele cultuur van wetenschappelijke academies van de Renaissance tot en met de Verlichting. Het boek zal verschijnen bij Harvey Miller / Brepols. 
 
Matthijs Jonker is gastonderzoeker binnen the Max Planck Onderzoeksgroep ‘Visualizing Science in Media Revolutions’ van Dr. Sietske Fransen op de BHMPI. Hij is lid van het executive committee van het onderzoeksnetwerk Scientiae: Disciplines of Knowing in the Early Modern World.