Jeroen Vermeulen is als universitair hoofddocent verbonden aan het departement Bestuurs- en Organisatiewetenschap. Hij is  honours director van het Descartes College en tevens programmaleider. Het Descartes College is een tweejarig interdisciplinair honours programme voor bachelor studenten en maakt deel uit van het Honours College van de Universiteit Utrecht. Samen met Sanne Akkerman, hoogleraar Onderwijswetenschappen, coördineert hij het Comenius Leadership onderwijs- en onderzoeksprogramma Students in UniCity: engagement in what happens for what matters.