Janneke Gerards is Staatsraad bij de Afdeling advisering van de Raad van State. Daarnaast is zij voor één dag per week verbonden aan de Universiteit Utrecht als hoogleraar Fundamentele Rechten in Europa. Haar onderzoek concentreert zich op Europese en nationale grondrechten, gelijke behandeling, rechterlijke toetsing en constitutioneel recht. De onderlinge verhouding tussen het Europees Verdrag voor de Rechten van de Mens, het EU-recht en het nationale recht speelt daarbij een belangrijke rol. Centrale onderwerpen zijn daarnaast de toekomst van het Europees Hof voor de Rechten van de Mens, de dogmatische ontwikkelingen in de EU-grondrechtenrechtspraak en algemene leerstukken van grondrechten in het EVRM en in Nederland. Op het terrein van het EVRM verscheen in 2023 de tweede druk van haar handboek General Principles of the European Convention of Human Rights bij Cambridge University Press; ook redigeerde zij voor dezelfde uitgever het handboek Fundamental Rights. The European and International Dimension. In 2024 verscheen haar inleidende NJV-Preadvies over het EU-Grondrechtenhandvest.
Janneke Gerards doet verder onderzoek naar de invloed van actuele ontwikkelingen op grondrechten. In 2018 publiceerde zij, samen met Max Vetzo en Remco Nehmelman, bijvoorbeeld het boek Algoritmes en grondrechten en in 2019 presenteerde zij een preadvies over grondrechten in de platformeconomie aan de Vereniging voor Burgerlijk Recht. Samen met Raphaële Xenidis schreef zij in 2021 een wetenschappelijk rapport over algoritmische discriminatie in Europa. Daarnaast ontwikkelde zij samen met onderzoekers van de Utrecht Data School een grondrechtenimpactassessment (het 'IAMA') voor de inzet van algoritmen door Nederlandse overheidsorganisaties.
Janneke Gerards is sinds 2015 lid van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW). Zij is redactievoorzitter van het online platform EHRC Updates, waarop regelmatig wetenschappelijke annotaties bij EHRM- en HvJ EU-uitspraken over grondrechten verschijnen. Ook is zij lid van de redactie of redactieraad van verschillende wetenschappelijke tijdschriften op het terrein van grondrechten en constitutioneel recht, zoals het Netherlands Quarterly of Human Rights en het ECHR Law Review .
Naast haar werk bij de Raad van State en haar universitaire werk is Janneke Gerards lid van het Wetenschappelijk Comite van het EU-Grondrechtenagentschap (FRA) en substituut-lid van de Venetiëcommissie. Eerder was zij onder meer lid en voorzitter van De Jonge Akademie (onderdeel van de KNAW) (2006-2011, voorzitter van 2007-2009), lid van de Staatscommissie Grondwet (Staatscommissie-Thomassen), lid van de Commissie Onderzoek Toekomst Gefinancierde Rechtsbijstand (Commissie-Wolfsen), lid van de Commissie van Wijzen die onderzoek deed naar een tegemoetkoming voor ouderen van Surinaamse afkomst met onvolledige pensioenopbouw (Commissie-Sylvester), lid van de Sociaalwetenschappelijke Raad van de KNAW, lid van de Commissie Mensenrechten van de Adviesraad Internationale Vraagstukken (AIV), lid van de Staatscommissie tegen Discriminatie en Racisme, voorzitter van de Commissie Wetenschappelijke Integriteit en van de Commissie Vrijheid van Wetenschapsbeoefening van de KNAW, en raadsheer-plaatsvervanger bij het Gerechtshof Den Haag.
Het universitaire en post-academische onderwijs van Janneke Gerards richt zich vooral op fundamentele rechten in Europa en in Nederland en op rechterlijke argumentatie, constitutionele vraagstukken, en technologie en publieke waarden. Zij is programmaleider van de Utrechtse Legal Research Master. Samen met Antoine Buyse en Paulien de Morree ontwikkelde Janneke Gerards in 2016 een Massive Open Online Course (MOOC) over Europese mensenrechten en open samenlevingen, die inmiddels meer dan 50.000 mensen heeft bereikt.