Eric Ottenheijm’s primaire interesse is gelegen in de wijze waarop christendom en rabbijns jodendom ontstonden in onderlinge uitwisseling en polemiek, en in de context van Romeinse Imperiale politiek en Grieks-Romeinse cultuur en filosofie. Verder richt Ottenheijm zich op meer contemporaine kwesties in de relatie tussen religies en de samenleving, in het bijzonder interreligieuze verhoudingen.

Huidige Projecten: 
1. Parabels in de Synoptische Evangelieën en in Rabbijnse literatuur. Dit project, 'Parables and the Partings of the Ways' NWO 2014-2020), heeft meerdere publicaties het licht laten zien, waaronder The Power of Parables. Essays on the Comparative Study of Jewish and Christian Parables. Leiden: Brill, 2024, te raadplegen als open access volume: 978-90-04-68002-9 en Parables in Changing Contexts. Essays on the Study of Parables in Christianity, Judaism, Islam, and Buddhism. Jewish and Christian Perspectives 35 (Brill: Leiden, 2020). Een populair wetenschappelijke bundel uit 2020 is in 2024 begonnen aan haar derde druk: Parabels. Onderricht van Jezus en de rabbijnen (Berne Media). Momenteel is ook een Duitse vertaling in voorbreiding (2024). 

In 2024 verscheen een vervolg op deze publieksbundel, dit keer met bijdragen van diverse specialisten en gewijd aan parabels in religies, filosofie, en populaire cultuur: Eric Ottenheijm, Nikki Spoelstra en Martijn Stoutjesdijk, eds., Parels van Wijsheid. Parabels, fabels en gelijkenissen in de wereldliteratuur. Leeuwarden: Adveniat: Leeuwarden, 2024. (331 pp.). ISBN: 9789493279926.
Momenteel werkt Ottenheijm aan een afsluitende synthese over de geschiedenis van de vroeg-Joodse parabel. Voor dit project, zie www.parabelproject.nl. 

2. Het evangelie van Mattheüs in haar Joodse context.

Ottenheijm onderzoekt hier de wijze waarop tekst, materiële cultuur, en genre iets laten zien van opkomende en elkaar beconcurrerende elites en hun gemeenschappen. Hij richt zich zich vooral op overlappingen in praxissen, literaire motieven en op materiële cultuur, als indicaties voor gemeenschapsvorming in een gedeelde sociale realiteit. Een goed voorbeeld is zijn recente kritische studie van Farizeeën  in “Between Straw Man and Punching Bag. “Pharisees” as a Character in the Gospel of Matthew,” 191-208 In Craig Evan Andersen and Matthew Ryan Hauge, eds., Character Studies in the Gospel of Matthew Library of New Testament Studies Studies 648 (Edinburgh: Bloomsbury T&T Clark, 2024) ISBN 978 0 5676 9948 0.  Materiële religie speelt een hoofdrol in zijn analyse van de polemische functie van rituele kledij in vroeg christelijke en Joodse contexten: "Matthew and Yavne. Religious Authority in the Making?," 378-400, in Peter.J. Tomson and Joshua Schwartz (eds.), Jews and Christians in the First and Second Centuries: The Interbellum (70-132 CE), CRINT 15, edited by Joshua Schwartz and Peter J. Tomson, Leiden, Brill, 2018. Ottenheijm publiceert over dit onderwerp in de Brill Encyuclopedia of Early Christianity.

Met zijn deelname, als vrijwilliger, aan het archeologische onderzoek naar een Joods Byzantijns dorp in Galilea (Horvath Kur, geleid door prof. J. Zangenberg, Leiden) verdiept hij de manier waarop tekst en materiële cultuur in samenhang worden bestudeerd. Een mooi voorbeeld daarvan biedt de publicatie, met zijn PhD student Jonathan Pater, "Meals in the Synagogue. Reassessing the Evidence," 247-269 in: Rick Bonnie / Raimo Hakola / Ulla Tervahauta (eds.), The Synagogue in Ancient Palestine: Current Issues and Emerging Trends. Forschungen zur Religion und Literatur des Alten und Neuen Testaments 279. Göttingen: Vandenhouck & Ruprecht, 2020. ISBN 9783666522147.

3. Verder publiceert Ottenheijm op het vlak van de Rabbijnse literatuur, met name parabels en late midrasj. Een voorbeeld biedt zijn studie van de parabels in een laat-Rabbijnse midrasj, zoals-“Meshalim on Election and Power. Two Examples in Tanhuma Buber.” 266-285 In: Studies in the Tanhuma-Yelammedenu Literature . Arnon Atzmon and Ronit Nikolsky, eds. Leiden: Brill, 2022. 
Op het vlak van actuele Interreligieuze verhoudingen publiceert hij voor een breder publiek, waarvan het boek over de relatie tussen religie en geweld een goed voorbeeld biedt:

Dit boek illustreert de actieve betrokkenheid van Ottenheijm, sinds de negentiger jaren, in de interreligieuze dialoog in Nederland. Ottenheijm is betrokken bij de Joods christelijke dialoog als voorzitter van Sha’ar, en als adviseur van Ojec en de Katholieke raad voor het Jodendom.