Geert Pesselse is als universitair docent straf(proces)recht werkzaam aan het Willem Pompe Instituut voor Strafrechtswetenschappen van het departement Rechtsgeleerdheid van de Faculteit REBO van de Universiteit Utrecht. Hij is tevens verbonden aan het Montaigne Centrum voor Rechtsstaat en Rechtspleging. Zijn onderzoek richt zich op het strafprocesrecht, in het bijzonder het terrein van de gewone en buitengewone rechtsmiddelen, en op het sanctierecht, in het bijzonder het penitentiaire recht. Ook heeft hij een belangstelling voor materieel strafrecht en uitwerking van fundamentele rechten - en de rechtspraak daarover - in de strafrechtspleging. 

Hij treedt op als docent in de bachelor- en de masteropleiding, onder meer in de Caput Rechtsmiddelen (M) en het honoursprogramma van het vak Strafprocesrecht (B2). Hij begeleidt afstudeerwerken in de bachelor Rechtsgeleerdheid en scripties in de master Strafrecht.