Van Miert is als directeur van het Huygens Instituut voor Nederlandse Geschiedenis en Cultuur in dienst van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW), die de bijzondere leerstoel ‘Kennisgeschiedenis vanuit Digitaal Perspectief’ financiert. 

Daarnaast is hij lid van de executive boards van CLARIAH-NL (Digitale infrastructuur voor de Geesteswetenschappen in Nederland) en van het Thematisch Digitaal Competence Center voor de Sociale- en Geesteswetenschappen (TDCC-SSH). Hij is bovendien lid van verscheidene wetenschappelijke adviesraden: van het Koninklijk Nederlands Instituut Rome (KNIR), van het KU Leuven instituut LECTIO, van RESILIENCE (Europese Infrastructuur voor Religiestudies), van de tijdschriften Journal for the History of Knowledge (JHoK) en Lias. Journal of Early Modern Intellectual Culture and its Sources. 

Al deze nevenwerkzaamheden, behoudens zijn directeurschap van het Huygens Instituut, zijn onbezoldigd.