Tussen 1990 en 2013 is Bert de Vries werkzaam geweest als senior onderzoeker bij het Rijks Instituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM), later Milieu en Natuur Planbureau (MNP) thans Plan Bureau voor de Leefomgeving (PBL). Hij is lid geweest van de TARGETS- en IMAGE-teams inzake Global Change Integrated Assessment Modelling (IAM) en heeft bijgedragen aan modellering en scenario constructie voor het Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), waarvoor in 2007 met vele collega's samen de Nobelprijs voor Vrede is ontvangen.
Tussen 2003 en 2013 is hij deeltijd-hoogleraar geweest op de leerstoel Global Change and Energy aan de Universiteit van Utrecht. Zijn expertisevelden zijn resource/energy analyse, modellering en beleid; klimaat- en Global Change modellering; complexe systemen; en onderzoek en onderwijs inzake duurzaamheid. Als lid van het Sustainable Finance Lab werkt hij mee aan onderzoek inzake de relatie tussen duurzaamheid en het financiele systeem.
Hij heeft twee boeken (mede) gepubliceerd: Perspectives on Global Change: The TARGETS Approach (1997, Cambridge University Press), Mappae Mundi: Humans and their Habitats in a Long-Term Socio-Ecological Perspective (2002, Amsterdam University Press). In december 2012 is het textbook Sustainability Science gepubliceerd bij Cambridge University Press, gebaseerd op 10 jaar doceren en coordineren van de kursus Sustainable Development - An Integrated Perspective, In 2023 is een nieuwe, tweede editie van het textboek Sustainability Science verschenen. De inhoudsopgave, hoofdstuksamenvattingen en ondersteunende blogs zijn toegankelijk op www.sustainabilityscience.eu.