In 2007 werd Sluijs bekroond met deOutstanding Young Scientists Award van de European Geosciences Union (EGU). Hij was de jongste wetenschapper ooit die deze prestigieuze prijs ontving. In 2010 ontving hij ook de prestigieuze Vening Meinesz-prijs voor jonge geowetenschappers en de Heinekenprijs voor Jonge Wetenschappers van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, binnen het domein Milieuwetenschappen. In 2016 ontving hij de James B. Macelwane Medal van de American Geophysical Union en in 2017 de Ammodo Award van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen.

Sluijs was (bestuurs)lid van de Jonge Akademie van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (2009 - 2014). Hij is redacteur van het open access journal Climate of the Past, uitgegeven door de European Geosciences Union.