Artikelen en hoofdstukken in boeken 

•  
• S.C. Steenman, W.E. Bakker and J.W.F. van Tartwijk, ‘Predicting different grades in different ways for selective admission: disentangling the firts-year grade point average’, in: Studies in Higher Education, 2014/11
• M.J.W.A. Schiffelers, B.J. Blauboer, W.E. Bakker, C.F.M. Hendriksen and C. Krul, ‘Regulatory acceptance and use of the Extended One Generation Reproductive Toxicity Study within Europe’, in: Regulatory Toxicology and Pharmacology, 2014
• M.J.W.A. Schiffelers, B.J. Blauboer, W.E. Bakker, S. Beken and C.F.M. Hendriksen, ‘Regulatory acceptance and use of 3R models for pharmaceuticals and chemicals: Expert opinions on the state of affairs and the way forward’, in: Regulatory Roxicology and Pharmacology, 69 (1), 2014, p.41-48
• M.J.W.A. Schiffelers, B. Blauboer, W. Bakker and C. Hendriksen, ‘Replacing the NIH test for rabies vaccine potency testing: A synopsis of drivers and barriers’, in: Biologicals, 42 (4) 2014, p. 205-217
• M.J.W.A. Schiffelers, B.J. Blauboer, C.F.M. Hendriksen and W.E. Bakker, ‘Regulatory acceptance and use of 3R models: a multilevel perspective’, in: ALTEX-Alternatives to Animal Experimentation, 29 (3) 287, 2012
• W.E. Bakker, ‘Een plek voor onze idealen. Ontwikkelingssamenwerking als haven en bouwplaats voor geestelijk engagement’, in: Gabriel van den Brink (red.) De lage landen en het hogere, Amsterdam, 2012, p. 169-182
• W.E. Bakker and R. Speijcken,  ‘The elusive quest for the golden standard. Concepts, policies and practices of accountability in development cooperation’,  UNU-Merit Working papers series, Maastricht, 2011
• W.E. Bakker, ‘Een rapport dat verschil kan maken. Bespreking van het WRR-rapport  Minder pretentie, meer ambitie’, in BenM Tijdschrift voor beleid, politiek en maatschappij, Lemma 2010/1
• W.E. Bakker, ‘De noord-zuidlijn van verantwoordingsdruk. Doorwerking van veranderende donoreisen in ontwikkelingssamenwerking’, in: Bestuurskunde, 2008/1 (bestuurskunde-2008,-nr-1)
• W.E. Bakker en E. Engelen, ‘Onderwijs en sociale investeringsstaat. De weerbarstige verhouding tussen instrumentele en morele onderwijsdoelen’, in: E. Engelen, A. Hemerijck en W. Trommel, Van sociale bescherming naar sociale investering. Zoektocht naar een andere verzorgingsstaat, Lemma, Den Haag, 2007
• W.E. Bakker en K. Yesilkagit, ‘Verantwoording tussen droom en drang. Positiebepaling en perspectief’, in: Bakker en Yesilkagit 2005, p.11-24
• W.E. Bakker, ‘Scenario’s tussen rationaliteit, systeemdwang en politieke rede’, in: BenM 2003/4, p.219-229
• W.E. Bakker, 'Vormgeving van de publieke verantwoordelijkheid voor educatie’, in C. Doets (red.), De toekomst van educatie, Cinop, Den Bosch 2002
• W.E. Bakker en F. van Waarden, ‘Discretionaire ruimte bij de formulering en handhaving van regelgeving’, in: W. E. Bakker en Van Waarden, Ruimte rond regels, Boom, Amsterdam 1999, p.13-39
• A.C. Hemerijck and W.E. Bakker, 'A pendulum swing in conceptions of the welfare state', in: Unger, Brigitte and Frans van Waarden (eds.), Convergence or Diversity?. Internationalization and Economic Policy Response, Avebury (Ashgate Publishing Group), 1995
• J.W.M. Collaris en W.E. Bakker, 'Naar een Europese gezondheidszorg', in: Engbersen et.al.1994, p.173-188
• G. Engbersen, W.E. Bakker en A.C. Hemerijck, 'Voorbij de nationale verzorgings­staat', in: Engbersen et.al.1994, p. 9-20
• A.C. Hemerijck en W.E. Bakker, 'De pendule van perspectief. Convergentie en divergentie in het denken over de verzorgingsstaat', in: Engbersen et.al., p.21-58
• W.E. Bakker, ‘Selectie en onderwijs, kansen verdelen, kansen herstellen en gemiste kansen’, in: Bakker en Lehning (red.) 1991, p. 28-43
• W.E. Bakker en Percy B. Lehning, ‘Introductie: interventie door selectie’, in Bakker en Lehning (red.) 1991, p. 9-12
• W.E. Bakker, ‘Instrumenten van overheidsbeleid: twee kanten van de beleidspraktijk’, in: Beleid & Maatschappij, 12(1985)5, p. 117-127.

Boeken 

• W.E. Bakker en K. Yesilkagit (red.), Publieke Verantwoording. Regimes van inzicht en rekenschap bij de uitvoering van publieke taken, Boom, Amsterdam, 2005
• W.E. Bakker, Sturen op de tijstroom. Onderwijs voor werkende jongeren en beleid tussen economie en ontplooiing 1945-1995, Thela Thesis, Amsterdam 2001 (dissertatie) 231p. Enkele stukken uit zijn proefschrift zijn Flaptekst, Inhoud, Hoofdstuk 1, Hoofdstuk 10, Summary
• W.E. Bakker en F. van Waarden (red.), Ruimte rond regels. Stijlen van regulering en beleidsuitvoering vergeleken, Boom, Amsterdam 1999, 396 p.
• W.E. Bakker (red.), Om een toekomst voor de papua's. Kleinschalige ontwikkelingshulp in context, St. Hapin, Arnhem, 1998, 104 p.
• G. Engbersen, A.C. Hemerijck en W.E. Bakker (red.), Zorgen in het Europese Huis. Verkenningen over de grenzen van nationale verzorgingsstaten, Boom, Amsterdam, 1994, 266 p.
• W.E. Bakker en Percy B. Lehning (red.), Kiezen en verdelen; selectie van burgers als interventiestrategie, Boom, Meppel 1991, 112 p.

Rapporten

• W.E. Bakker, Working on Domestic Accountability, Ministry of Foreign Affairs, The Hague, 2010
• W.E. Bakker, L. Ceelie e.a., Representatie van verdeeld belang. Een verkennend onderzoek naar de functie, kenmerken, streefbeelden en mogelijkheden van contacten tussen de CDA-fractie en het maatschappelijk middenveld, rapport in opdracht van de CDA-Tweede Kamer fractie, USBO, Utrecht 2009
• W.E. Bakker en M.J. Schiffelers, Gebruik van ethiekonderzoek in beleidsvorming. Evaluatie van het NWO-programma Ethiek & Beleid, Rapport in opdracht van NWO, USBO-Advies, Utrecht 2008 (pdf publiekssamenvatting)
• W.E. Bakker en G. Pikker (red.), Evaluatie gedragscode Ooa/ROA, Rapport in opdracht van de Ooa, USBO-Advies, Utrecht 2006