Wieger Bakker studeerde sociologie van planning en beleid aan de Rijksuniversiteit Utrecht. Hij studeerde af op een onderzoek naar theorie en praktijk van beleidsinstrumenten. Na afronding van zijn studie in 1984 was hij binnen de Faculteit Sociale Wetenschappen achtereenvolgens verbonden aan de opleidingen Sociologie en Algemene Sociale Wetenschappen en aan het interfacultaire Centrum voor Beleid & Management. In 1998 werd hij universitair docent bij de Faculteit Rechtsgeleerdheid voor de juridisch bestuurskundige opleiding RBM (Recht, Bestuur en Management). Sinds 2000 is hij werkzaam bij het Departement Bestuurs- en Organisatiewetenschap voor de gelijknamige opleiding (B&O), vanaf 2002 als hoofddocent Bestuur en Beleid en met ingang van 1-7-2015 als hoogleraar Kwaliteit en Innovatie van Maatschappijgericht Hoger Onderwijs.

Zijn interesse in onderwijs en onderwijsverandering resulteerde in 2001 in het proefschrift, Sturen op de Tijstroom (Thela Thesis); een beleidssociologisch onderzoek naar de rol van de overheid bij de ontwikkeling van de sector vorming en onderwijs voor werkende jongeren, de tegenwoordig BVE-sector, tussen 1945 en 1995.

Hij was tussen 1987 en 2005 redacteur, secretaris en vicevoorzitter van het tijdschrift BenM, Tijdschrift voor Beleid, politiek en maatschappij. In het verlengde daarvan was hij onder andere redacteur en co-auteur van verschillende bundels zoals: Kiezen en Verdelen (1991), Zorgen in het Europese huis (1994), Ruimte rond Regels (1999) en Publieke Verantwoording (2005).

Vanuit zijn vroegere nevenfunctie als voorzitter van een particuliere organisatie voor kleinschalige internationale ontwikkelingssamenwerking voor de inheemse bevolking van Papua, ontwikkelde hij vanaf 2006 in onderwijs en onderzoek een sterke belangstelling voor ontwikkelingssamenwerking als Nederlandse beleidssector.

De laatste jaren is hij zich vooral gaan toeleggen op de ontwikkeling en vernieuwing van academisch onderwijs, in het bijzonder binnen het vakgebied van de Bestuurs- en Organisatiewetenschap.

Naast het reguliere onderwijs verzorgt en organiseert hij als gastdocent en course director intensieve internationale cursussen in voormalig Oost-Europa (Tsjechië, Roemenië) rond 'Policymaking in European Context' en, sinds 1998, een tweejaarlijks project over 'Inclusion and Exclusion in Contemporary European Societies' het Inter University Center te Dubrovnik, Kroatië; het laatste voor studenten uit oude en nieuwe EU-lidstaten, kandidaat lidstaten en uit de zogenoemde ‘nieuwe’ buurlanden van de EU (zie www.inclusionexclusion.eu).