Mark Bovens studeerde staats-en bestuursrecht, politicologie en wijsbegeerte aan de Rijksuniversiteit Leiden en aan Columbia University Lawschool in New York (LL.M 1983).

Zijn afstudeerscriptie, over de rol van profielschetsen bij burgemeestersbenoemingen, werd in 1983 bekroond met Kluwer's Post Scriptumprijs. In 1987 introduceerde hij het begrip 'klokkenluiden' in Nederland en pleitte hij als eerste voor bescherming van klokkenluiders. Dit pleidooi werkte hij uit in zijn proefschrift Verantwoordelijkheid en organisatie waarop hij in 1990 in Leiden promoveerde en waarvoor hij in 1991 de Van Poeljeprijs kreeg. 

In 1997 werd hij in Utrecht benoemd als hoogleraar, aanvankelijk met als leeropdracht Rechtsfilosofie en later ook met als leeropdracht Bestuurskunde. Daarvóór werkte hij in Leiden bij de vakgroepen Politieke Wetenschappen en Bestuurskunde.

In 2000 richtte hij, samen met Paul Verweel, de Utrechtse School voor Bestuurs- en organisatiewetenschap (USBO) op en werd hij full time hoogleraar Bestuurskunde. Van 2000 tot 2013 was hij Directeur Onderzoek en voorzitter van het bestuur/MT van de USBO. Van 2013 tot 2024 was hij lid van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid (WRR). 

In de afgelopen jaren verschenen van zijn hand meer dan twintig boeken en bundels op het terrein van politiek, openbaar bestuur, democratie en rechtsstaat, waaronder Understanding Policy Fiascoes (met P. 't Hart; Transaction 1996), The Quest for Responsibility (Cambridge University Press 1998), Success and Failure in Public Governance (met P. ‘t Hart & B. Guy Peters; Edward Elgar 2001), De digitale republiek (Amsterdam University Press 2003), The Real World of EU Accountability (met Deirdre Curtin en Paul 't Hart, Oxford University Press 2010) en The Oxford Handbook of Public Accountability (met Robert Goodin en Thoams Schillemans; Oxford University Press 2014). Ook was hij medeauteur van het pamflet De verplaatsing van de politiek (Wiarda Beckmanstichting 1995) en van het handboek Openbaar bestuur dat inmiddels aan zijn 10e editie toe is (Kluwer 2021).

Een van de centrale thema's in zijn recente werk zijn politieke en sociale verschillen langs opleidingslijnen. Hij publiceerde hierover onder andere: Diplomademocratie (met Anchrit Wille, Bert Bakker 2011), Opleiding als scheidslijn (Oratie Van Doornleerstoel 2012) en Gescheiden werelden (met Paul Dekker & Will Tiemeijer, SCP en WRR 2014). In 2017 verscheen: Diploma Democracy: The Rise of Political Meritocracy (met Anchrit Wille, Oxford University Press).

Als raadslid bij de WRR was hij de afgelopen jaren verantwoordelijk voor een reeks van verkenningen en rapporten, waaronder Van tweeluik naar driehoeken (2014), Hoe ongelijk is Nederland? (2014), Migratie en classificatie (2016), Weten is nog geen doen (2017), Samenleven in verscheidenheid (2020), Afscheid van westers en niet-westers (2021),  Rechtvaardigheid in klimaatbeleid (2023) en Grip (2023). Hij muntte in dat verband de begrippen 'inwoner met een migratieachtergrond' en 'doenvermogen'. 

Hij ontving voor zijn werk een aantal onderscheidingen, waaronder de KNAW Reviewessay prijs, de Van Poeljeprijs voor het beste bestuurskundige proefschrift, en de Professionele Publikatie Prijs van de Raad van Organisatieadviesbureau's. In 2008 werd hij door de Nederlandse Onderzoeksschool voor de Bestuurskunde (NOB) uitgeroepen tot promotor van het jaar. Hij is lid van de KNAW en van de KHMW. In 2019 ontving hij de Van de Spiegelprijs, de oeuvreprijs van de Vereniging voor Bestuurskunde die eens in de drie jaar wordt uitgereikt.

Hij was van 2007 tot 2012 als gasthoogleraar verbonden aan het Department of Political Science van de Research School of Social Sciences van de Australian National University in Canberra. In 2012 was hij Jacques van Doorn fellow op het NIAS en bekleedde hij op de EUR de Jacques van Doorn leerstoel. In 2013 werd hij, als eerste Nederlander, verkozen tot Fellow van de Amerikaanse National Academy of Public Administration (NAPA). Hij was Visiting Fellow op Nuffield College in Oxford, the University of Western Sydney, the LSE, en Australian National University. In 2019 was hij Visiting Fellow van het Metaforum Institute van de KU Leuven.