Sinds het begin van zijn academische carrière in 1982 en na de succesvolle afronding van zijn proefschrift is Bert van der Zwaan werkzaam geweest bij de Universiteit Utrecht en Radboud Universiteit. Ook was hij actief in vele functies buiten de academische wereld. Als paleontoloog heeft (paleo-)ecologie zijn grootste onderzoeksinteresse, hoewel hij al vroeg in zijn carrière deelnam aan interdisciplinaire programma's.
Dit leidde tot de start van een interdisciplinaire onderzoeksgroep die het (toenmalig) onbekende gebied tussen Biologie en Geologie met elkaar verbond. Tegenwoordig is de Biogeologie een bruisend onderzoeksgebied, waarin aanzienlijke wetenschappelijke vooruitgang is geboekt door middel van samenwerking tussen vele disciplines.
Oprichter van de onderzoeksgroep Biogeologie
Het onderzoek van Bert van der Zwaan en zijn groep - bestaande uit geologen (paleontologen en geochemici), microbiologen, ecologen, (paleo)klimatologen en modelleurs - is gericht op de ontwikkeling van het moderne mondiale klimaatsysteem en de mee-ontwikkelende ecosystemen in de afgelopen 60 miljoen jaar. Het succes van deze en andere onderzoeksgroepen, erkend door de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW), leidde tot de oprichting van het Darwin Centrum voor Biogeologie. Bert van der Zwaan werd de eerste wetenschappelijk directeur van het centrum.
Bert van der Zwaan heeft een aanzienlijk aantal wetenschappelijke programma's geleid. Zo was hij hoofdauteur voor het door de overheid gefinancierde Knowledge for Climate programma (100 miljoen euro), coördineerde hij het Aarde en Duurzaamheidsprogramma van de Universiteit Utrecht en partners met ruim 1200 wetenschappers, was hij voorzitter van het Utrecht Centrum van Geowetenschappen, en coördinator en interim-CEO van de EU/EIT Climate-Knowledge and Innovation Community. In dit laatste programma was hij leider van een netwerk van vijf van de beste universiteiten van Europa (Universiteit Utrecht, Imperial College, ETH, Paris Tech en Berlin/Potsdam PIK). Doel van het programma is het genereren van innovatie door het samenbrengen van onderzoek-onderwijs-ondernemingen. Door dit werk raakte Bert van der Zwaan zeer geïnteresseerd in de (regionale) impact van universiteiten op innovatie.
In 2006 werd hij decaan van de faculteit Geowetenschappen. In 2011 werd Bert van der Zwaan benoemd tot Rector Magnificus van de Utrecht Universiteit. In 2016 volgde een benoeming tot voorzitter van de League of European Research Universities (LERU). Die rol vervulde hij tot zijn afscheid als rector in 2018.
Sinds zijn emeritaat houdt Bert van der Zwaan zich voornamelijk bezig met duurzaamheidsvraagstukken, de ontwikkelingen binnen het internationale hoger onderwijs inclusief leiderschapsvraagstukken, en is adviseur van de overheid als voorzitter van verschillende adviescommissies.