Bas Blaauboer (1949) studeerde biologie aan de Universiteit utrecht van 1966 tot 1973. Daarna trad hij in dienst van het Instituut voor Veterinaire Farmacologie en Toxicologie, waar hij onder leiding van dr. Hans Wit, prof Herman van Genderen en prof Adelbert van Miert promotieonderzoek deed, in 1978 afgerond met het proefschrift "Formation and reduction of ferrihemoglobin in red cells. Effects of phenylhydroxylamine and monoaminophenols in avian and mammalian erythrocytes". Het jaar 1979 werd als postdoctoral periode doorgebracht bij the MRC Toxicology Unit in het Verenigd Koninkrijk. Bij terugkomst in Utrecht leidde hij de groep Biochemische en Cellulaire Toxicologie, eerst in de Vakgroep Veterinaire Farmacologie en Biologische Toxicologie. In 1989 werden de onderzoekactiviteiten in de toxicologie ondergebracht in het Research Instituut Toxicologie (RITOX). In 2000 werd dit instutuut na een fusie met een groep uit Wageningen de Divisie Toxicologie van het Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS). Sinds 1 januari 2014 is hij met emeritaat.

Hij werd in 2006 vereerd met de 2006 American Industrial Health Council Visiting Scholar at the CIIT Centers for Health Research, Research Triangle Park, NC, USA. "This selection specifically acknowledges Dr. Blaauboer’s significant contributions in using quantitative modeling techniques along with in vitro toxicity studies to draw inferences about dose-response characteristics of chemicals in humans".

In 2008 werd Bas Blaauboer benoemd op de Doerenkamp-Zbinden leerstoel "Alternatieven voor Dierproeven in de Toxicologische Risicobeoordeling", werkzaam binnen het IRAS. Zijn toenmalige researchgroep richt zich op onderzoek naar het gebruik van in vitro toxicologische gegevens in combinatie met kinetische modellering met het doel het ontwikkelen van onderzoeksstrategieen voor risicobeoordeling zonder het gebruik van proefdiermodellen.

Daarnaast vervulde hij de functie van coordinator van de Postdoctorale Opleiding Toxicologie, een formeel samenwerkingsverband van 8 Nederlandse universiteiten voor de opleiding van promovendi en overige geinteresseerden tot geregistreerd toxicoloog. Tevens is hij sinds 1994 Editor van het wetenschappelijk tijdschrift Toxicology in Vitro.

Bas ontving in 2013 de Willy van Heumenprijs voor Alternatieven voor Dierproeven. In 2017 kreeg hij de EUROTOX Merit Award.

Hij is auteur of co-auteur van meer dan 180 wetenschappelijke peer-reviewed publicaties.