Code en software publiceren

Om wetenschappelijke resultaten reproduceerbaar te maken is het niet alleen van belang om uw artikel en data te delen, maar natuurlijk ook de methode. Als de onderzoeksmethode gedeeltelijk of geheel uit computercode bestaat, is het delen van die code een belangrijke stap richting het volledig reproduceerbaar maken van uw werk. Conclusies kunnen zo onderzocht en geverifieerd worden, maar ook verder onderzoek wordt mogelijk gemaakt; goed geschreven code kan worden hergebruikt en verder ontwikkeld, en zelfs gezien worden als een op zichzelf staand wetenschappelijk product.

Om code en software optimaal bruikbaar te maken voor anderen, zijn de volgende aspecten van belang:

  • Op welk platform kan ik mijn code of software het beste publiceren?
  • Welke licentie moet ik aan mijn code of software toekennen?
  • Hoe zorg ik ervoor dat mijn code of software makkelijk geciteerd kan worden? 

Code en software kunnen in verschillende vormen worden gedeeld, die elk een ander antwoord op deze vragen in zich dragen. Grofweg kunt u uw code op drie manieren delen: als deel van een reproduceerbaar document, samen met het artikel en de data in een zogeheten research compendium, of ‘ingepakt’ als zelfstandig softwarepakket. 

Reproduceerbaar/dynamisch document

Sommige tijdschriften ondersteunen een artikelformat waarmee de tabellen en afbeeldingen geïntegreerd kunnen worden door middel van hun broncode. In dit geval wordt het artikel geschreven als een ‘notebook’ (bijvoorbeeld Jupyter notebooks, of R markdown), met daarin de code waarmee elk figuur wordt gegenereerd aan de hand van de onderliggende data. Door een dergelijk format kan de lezer de code wijzigen en runnen, om zo de data te onderzoeken in de context van de publicatie.

In dit format maakt de code deel uit van het artikel, en wordt dus als zodanig gelicenseerd en geciteerd.

Een voorbeeld van een platform waarop in dit format kan worden gepubliceerd is eLife.

Research compendium

Als de code te uitgebreid is om deze in een reproduceerbaar document op te nemen, of als u er geen geschikte publicatieplek voor kunt vinden, kunt u ervoor kiezen om uw code te delen in de vorm van een research compendium. In een research compendium worden de tekst en grafieken van een paper gebundeld, samen met de onderliggende gegevens en code. Dit kan als geheel worden gepubliceerd, vaak op een extern platform, of als toevoeging aan een op ‘klassieke’ wijze gepubliceerd artikel (of pre-print).

Licentiëring: open source license

Publicatieplatforms: Zenodo, OSF

Software

Software wordt vaak vergezeld door een wetenschappelijk artikel, zodat de software geciteerd kan worden. Een softwarepakket kan echter een op zichzelf staand publiceerbaar (en citeerbaar) product zijn. Het is belangrijk om uw software een licentie mee te geven; zonder licentie is de software auteursrechtelijk beschermd, waardoor niemand deze mag gebruiken of erop voort mag bouwen. 

Licentiëring: open source license

Publicatieplatform: Zenodo

Meer informatie

Wilt u meer weten of heeft u vragen over code- en softwarelicenties en publicatieplatforms, neem dan contact met ons op.