Het onderzoek van Margaret Stroebe richt zich vooral op interactieve coping van echtparen na de dood van hun kind, perinataal verlies, heimwee onder studenten in verschillende culturen, psychosociale aanpassing aan de overgang naar de universiteit, secondaire analyses van grootschalige datasets over verliesverwerking (LASA en CLOC), expressie van emoties, effecten van rouwtherapie en rouwbegeleiding en theoretische analyses van rouw en verliesverwerking, hechtingspatronen en verlies. Veel van het onderzoek van Margaret Stroebe is ondergebracht in onderzoekschool Psychology & Health.