De doelstellingen van het Project Monitoring Zoönosen Gezelschapsdieren zijn het volgen van trends en het oppikken van ongebruikelijke signalen betreffende zoönosen en antimicrobiële resistentie bij gezelschapsdieren. Hiervoor worden twee bronnen gebruikt: de meldingen die binnenkomen via de telefonische help- en melddesk, en de informatie uit de routinediagnostiek van het Veterinair Microbiologisch Diagnostisch Centrum (VMDC). Onder andere door het analyseren van de trends in voorkomen van zoönotische agentia uit het lab informatie systeem. Voor bijzondere gevallen kan aanvullende diagnostiek ingezet worden. Tot slot maakt deelname aan het Signaleringsoverleg en het (mede) opstellen van VetInfect berichten deel uit van het project.