Jojanneke van der Beek is docent bij de bacheloropleiding Pedagogische Wetenschappen en de masteropleidingen Orthopdagogiek en Educational Sciences: Learning in Interaction. 

Daarnaast werkt zij als orthopedagoog-generalist, verzorgt zij postacademisch onderwijs en werkt zij aan promotieonderzoek getiteld 'Math and Emotion'.

Zij is mede-auteur van de Rekenbelevingsschaal (RBS), de Lees- en spellingbelevingsschaal (LSBS) en het behandelprotocol Wegwijs in dyslexie en dyscalculie.