dr. G.E. (Gert) Folkers
G.E.Folkers@uu.nl
Gegenereerd op 2017-06-27 09:08:43


All publications
  2016 - Scholarly publications
Dongre, Ramachandra, Folkers, Gert E, Gualerzi, Claudio O, Boelens, Rolf & Wienk, Hans (2016). A model for the interaction of the G3-subdomain of Geobacillus stearothermophilus IF2 with the 30S ribosomal subunit. Protein Science, 25 (9), (pp. 1722-33) (12 p.). © 2016 The Protein Society..
Kaplan, M., Narasimhan, Siddarth, de Heus, Cilia, Mance, Deni, van Doorn, Sander, Houben, Klaartje, Popov-Celeketic, Dusan, Damman, Reinier, Katrukha, Eugene A, Jain, Purvi, Geerts, Willie J C, Heck, Albert J R, Folkers, Gert E, Kapitein, Lukas C, Lemeer, Simone, van Bergen En Henegouwen, Paul M P & Baldus, Marc (17.11.2016). EGFR Dynamics Change during Activation in Native Membranes as Revealed by NMR. Cell, 167 (5), (pp. 1241-1251.e11) (11 p.). Copyright © 2016 Elsevier Inc. All rights reserved..
  2015 - Scholarly publications
Baker, Lindsay A., Daniëls, Mark, Van Der Cruijsen, Elwin A W, Folkers, Gert E. & Baldus, Marc (04.06.2015). Efficient cellular solid-state NMR of membrane proteins by targeted protein labeling. Journal of Biomolecular NMR, 62 (2), (pp. 199-208) (10 p.).
Baker, Lindsay A., Folkers, Gert E., Sinnige, Tessa, Houben, Klaartje, Kaplan, M., van der Cruijsen, Elwin A W & Baldus, Marc (01.01.2015). Magic-Angle-Spinning Solid-State NMR of Membrane Proteins. Methods in Enzymology, 557, (pp. 307-328) (22 p.).
Kaplan, M., Cukkemane, Abhishek, Van Zundert, Gydo C P, Narasimhan, Siddarth, Daniëls, Mark, Mance, Deni, Waksman, Gabriel, Bonvin, Alexandre M J J, Fronzes, Rémi, Folkers, Gert E. & Baldus, Marc (30.06.2015). Probing a cell-embedded megadalton protein complex by DNP-supported solid-state NMR. Nature Methods, 12 (7), (pp. 649-652) (4 p.).
Faridounnia, Maryam, Wienk, Hans, Kovacic, Lidija, Folkers, Gert E., Jaspers, Nicolaas G. J., Kaptein, R, Hoeijmakers, Jan H. J. & Boelens, Rolf (14.08.2015). The Cerebro-oculo-facio-skeletal Syndrome Point Mutation F231L in the ERCC1 DNA Repair Protein Causes Dissociation of the ERCC1-XPF Complex. Journal of Biological Chemistry, 290 (33), (pp. 20541-20555) (15 p.).
  2014 - Scholarly publications
Kastritis, Panagiotis L., Garcia Lopes Maia Rodrigues, João, Folkers, Gert E., Boelens, Rolf & Bonvin, Alexandre M J J (15.07.2014). Proteins feel more than they see - Fine-tuning of binding affinity by properties of the non-interacting surface. Journal of Molecular Biology, 426 (14), (pp. 2632-2652) (21 p.).
Khan, Fariha, Daniëls, Mark A., Folkers, Gert E., Boelens, Rolf, Saqlan Naqvi, S. M. & Van Ingen, Hugo (01.01.2014). Structural basis of nucleic acid binding by Nicotiana tabacum glycine-rich RNA-binding protein - Implications for its RNA chaperone function. Nucleic Acids Research, 42 (13), (pp. 8705-8718) (14 p.).
  2013 - Scholarly publications
Wienk, H., Slootweg, J.C., Speerstra, S., Kaptein, R., Boelens, R. & Folkers, G.E. (2013). Solution structure of the helix hairpin helix domain of FAAP24 reveals that substrate specificity depends on an evolutionary conserved domain. Nucleic Acids Research, 41, (pp. 6739-6749) (11 p.).
Wienk, H.L.J., Slootweg, J.C., Speerstra, S., Kaptein, R., Boelens, R. & Folkers, G.E. (2013). The Fanconi anemia associated protein FAAP24 uses two substrate specific binding surfaces for DNA recognition. Nucleic Acids Research, 41 (13), (pp. 6739-6749) (11 p.).
  2012 - Scholarly publications
Wienk, H.L.J., Tishchenko, E., Belardinelli, R., Tomaselli, S., Dongre, R., Spurio, R., Folkers, G.E., Gualerzi, C.O. & Boelens, R. (2012). Structural Dynamics of Bacterial Translation Initiation Factor IF2. Journal of Biological Chemistry, 287 (14), (pp. 10922-10932) (19 p.).
Das, D., Folkers, G.E., van Dijk, M., Jaspers, N.G.J., Hoeijmakers, J.H.J., Kaptein, R. & Boelens, R. (2012). The Structure of the XPF-ssDNA Complex Underscores the Distinct Roles of the XPF and ERCC1 Helix- Hairpin-Helix Domains in ss/ds DNA Recognition. Structure with Folding & design, 20 (4), (pp. 667-675) (9 p.).
  2011 - Scholarly publications
Busso, D., Peleg, Y., Folkers, G.E. & Celie, P.H.N. (2011). Expression of potein complexes using multiple E. coli protein co-expression systems: a benchmarking study. Journal of Structural Biology, 175, (pp. 159-170) (12 p.).
Berger, I., Blanco, A.G., Boelens, R., Cavarelli, J., Coll, M., Folkers, G.E., Nie, Y., Pogenberg, V., Schultz, P., Wilmanns, M., Moras, D. & Poterszman, A. (2011). Structural insights into transcription complexes. Journal of Structural Biology, 175 (2), (pp. 135-146) (12 p.).
  2010 - Scholarly publications
Huang, A., de Jong, R.N., Folkers, G.E. & Boelens, R. (2010). NMR characterization of foldedness for the production of E3 RING domains. Journal of Structural Biology, 172 (1), (pp. 120-127) (8 p.).
Bird, L.E., Ren, J., Nettleship, J.E., Folkers, G.E., Owens, RJ & Stammers, D.K. (2010). Novel structural features in two ZHX homeodomains derived from a systematic study of single and multiple domains. BMC Structural Biology, 10 (13), (pp. 1-15) (15 p.).
  2009 - Scholarly publications
Romanuka, J., van den Bulke, H., Kaptein, R., Boelens, R. & Folkers, G.E. (2009). Novel strategies to overcome expression problems encountered with toxic proteins: application to the production of Lac repressor proteins for NMR studies. Protein Expression and Purification, 67 (2), (pp. 104-112) (9 p.).
Dadvar, P., Kovanich, D., Folkers, G.E., Rumpel, K., Raijmakers, R. & Heck, A.J.R. (2009). Phosphatidylethanolamine-binding proteins, including RKIP, exhibit affinity for phosphodiesterase-5 inhibitors. ChemBioChem (10), (pp. 2654-2662) (9 p.).
Romanuka, J., Folkers, G.E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H.L.J., Bonvin, A.M.J.J., Kaptein, R. & Boelens, R. (2009). Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein–DNA complexes. Journal of Molecular Biology, 390 (3), (pp. 478-489) (12 p.).
Wienk, H.L.J., Lammers, I., Hotze, A.C.G., Wu, J., Wechselberger, R.W., Owens, R., Stammers, D.K., Stuart, D., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2009). The tandem zinc-finger region of human ZHX adopts a novel C2H2 zinc finger structure with a C-terminal extension. Biochemistry, 48 (21), (pp. 4431-4439) (9 p.).
  2008 - Scholarly publications
Diercks, T., AB, E., Daniels, M.A., de Jong, R.N., Besseling, R., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2008). Solution structure and characterization of the DNA-binding activity of the B3BP–Smr domain. Journal of Molecular Biology, 383 (5), (pp. 1156-1170) (15 p.).
de Jong, R.N., Truffault, V.P.M., Diercks, T., AB, E., Daniels, M.A., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2008). Structure and DNA binding of the human Rtf1 Plus3 domain. Structure with Folding & design, 16 (1), (pp. 149-159) (11 p.).
Das, D., Tripsianes, K., Jaspers, N.G.J., Hoeijmakers, J.H.J., Kaptein, R., Boelens, R. & Folkers, G.E. (2008). The HhH domain of the human DNA repair protein XPF forms stable homodimers. Proteins: Structure, Function and Genetics, 70 (4), (pp. 1551-1563) (13 p.).
  2007 - Scholarly publications
Tripsianes, K., Folkers, G.E., Zheng, C., Das, D., Grinstead, J.S., Kaptein, R. & Boelens, R. (2007). Analysis of the XPA and ssDNA-binding surfaces on the central domain of human ERCC1 reveals evidence for subfunctionalization. Nucleic Acids Research, 17, (pp. 5789-5798) (10 p.).
Kamphuis, M.B., Monti, M.C., van den Heuvel, R.H.H., Santos-Sierra, S., Folkers, G.E., Lemonnier, M., Diaz-Orejas, R., Heck, A.J.R. & Boelens, R. (2007). Interactions between the toxin kid of the bacterial parD system and the antitoxins Kis and MazE. Proteins: Structure, Function and Genetics, 67, (pp. 219-231) (13 p.).
  2006 - Scholarly publications
Au, K., Folkers, G.E. & Kaptein, R. (2006). Application of high-throughput technologies to a structural proteomics-type analysis of Bacillus anthracis. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 62 (10), (pp. 1267-1275) (9 p.). Samen met ca. 30 andere auteurs TAUC Workshop.
de Jong, R.N., Daniëls, M., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2006). Enzyme free cloning for high throughput gene cloning and expression. Journal of Structural and Functional Genomics, 7 (3-4), (pp. 109-118) (10 p.).
Jonker, H.R.A., Wechselberger, R.W., Pinkse, M.W.H., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2006). Gradual phosphorylation regulates PC4 coactivator function. The FEBS journal, 273, (pp. 1430-1444) (15 p.).
Alzari, P.M. & Folkers, G.E. (2006). Implementation of semi-automated cloning and and prokaryotic expression screening: the impact of SPINE. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 62 (10), (pp. 1103-1113) (11 p.). Samen met ca. 25 andere auteurs.
AB, E., Atkinson, A.R., Banci, L., Bertini, I., Ciofi-Baffoni, S., Brunner, K., Diercks, T., Doetsch, V, Engelke, F., Folkers, G.E., Griesinger, C., Gronwald, W., Gunther, U., Habeck, M., de Jong, R.N., Kalbitzer, H.R., Kieffer, B., Leeflang, B.R., Loss, S., Luchinat, C., Marquardsen, T., Moskau, D., Neidig, K.P., Nilges, M., Piccioli, M., Pierattelli, R., Rieping, W., Schippmann, T., Schwalbe, H., Travé, G., Trenner, J., Wöhnert, J., Zweckstetter, M. & Kaptein, R. (2006). NMR in the SPINE Structural Proteomics project. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, D62, (pp. 1150-1161) (12 p.).
Berrow, N.S. & Folkers, G.E. (2006). Recombinant protein expression and solubility screening in Escherichia coli: a comparative study. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 62 (10), (pp. 1218-1226) (8 p.). Samen met ca. 14 andere auteurs International conference on greenhouse gas control technologies.
de Jong, R.N., AB, E., Diercks, T., Truffault, V.P.M., Daniels, M.A., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2006). Solution Structure of the Human Ubiquitin-specific Protease 15 DUSP Domain. Journal of Biological Chemistry, 281 (8), (pp. 5026-5031) (6 p.).
Grenha, R., Rzechorzek, N.J., Brannigan, J.A., de Jong, R.N., AB, E., Diercks, T., Truffault, V.P.M., Ladds, J.C., Fogg, M.J., Bongiorni, C., Perego, M., Kaptein, R., Wilson, K.S., Folkers, G.E. & Wilkinson, A.J. (2006). Structural Characterization of Spo0E-like Protein-aspartic Acid Phosphatases That Regulate Sporulation in Bacilli. Journal of Biological Chemistry, 281 (49), (pp. 37993-38003) (11 p.).
Jonker, H.R.A., Wechselberger, R.W., Boelens, R., Kaptein, R. & Folkers, G.E. (2006). The intrinsically unstructured domain of PC4 modulates the activity of the structured core through inter- and intramolecular interactions. Biochemistry, 45 (15), (pp. 5067-5081) (15 p.).
Milon, P., Tischenko, E.V., Tomsic, J., Caserta, E., Folkers, G.E., La Teana, A., Rodnina, M.V., Pon, C.L., Boelens, R. & Gualerzi, C.O. (2006). The nucleotide-binding site of bacterial translation initiation factor 2 (IF2) as a metabolic sensor. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103 (38), (pp. 13962-13967) (6 p.).
  2005 - Scholarly publications
Salinas, Roberto Kopke, Folkers, Gert E., Bonvin, Alexandre M. J. J., Das, Devashish, Boelens, Rolf & Kaptein, R (01.09.2005). Altered specificity in DNA binding by the lac repressor: A mutant lac headpiece that mimics the gal repressor. ChemBioChem, 6 (9), (pp. 1628-1637) (10 p.).
Jonker, H.R.A., Wechselberger, R.W., Folkers, G.E. & Kaptein, R. (2005). Structural properties of the promiscuous VP16 activation domain. Biochemistry, 44 (3), (pp. 827-839) (13 p.).
Patterson, H.M., Brannigan, J.A., Cutting, S.M., Wilson, K.S., Wilkinson, A.J., AB, E., Diercks, T., de Jong, R.N., Truffault, V.P.M., Folkers, G.E. & Kaptein, R. (2005). The Structure of Bypass of Forespore C, an Intercompartmental Signaling Factor during Sporulation in Bacillus. Journal of Biological Chemistry, 280, (pp. 36214-36220) (7 p.).
Tripsianes, K., Folkers, G.E., AB, E., Das, D., Odijk, H., Jaspers, N.G.J., Hoeijmakers, J.H.J., Kaptein, R. & Boelens, R. (2005). The Structure of the Human ERCC1/XPF Interaction Domains Reveals a Complementary Role for the Two Proteins in Nucleotide Excision Repair. Structure with Folding & design, 13, (pp. 1849-1858) (10 p.).
  2004 - Scholarly publications
Folkers, G.E., van Buuren, B.N.M. & Kaptein, R. (2004). Expression screening, protein purification and NMR analysis of human protein domains for structural genomics. Journal of Structural and Functional Genomics, 5 (1-2), (pp. 119-131) (13 p.).
Dominguez, C., Folkers, G.E. & Boelens, R. (2004). RING domain proteins. In Albrecht Messerschmidt (Eds.), Handbook of metalloproteins. Vol. 3 (pp. 338-350) (768 p.). Chichester: Wiley.
  2002 - Scholarly publications
Singh, S., Folkers, G.E., Bonvin, A.M.J.J., Boelens, R., Wechselberger, R., Niztayev, A. & Kaptein, R. (15.11.2002). Solution structure and DNA-binding properties of the C-terminal domain of UvrC from E. coli. EMBO Journal, 21 (22), (pp. 6257-6266) (10 p.).
Singh, S., Folkers, G.E., Bonvin, A.M.J.J., Boelens, R., Wechselberger, R.W., Niztayev, A. & Kaptein, R. (2002). Solution structure and DNA-binding properties of the C-terminal domain of UvrC from E.coli. EMBO Journal, 21 (22), (pp. 6257-6266) (10 p.).
  2001 - Scholarly publications
Kalodimos, Ch., Folkers, G.E., Boelens, R. & Kaptein, R. (2001). Strong DNA binding by covalently linked dimeric Lac headpiece: Evidence for the crucial role of the hinge helices. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 98 (11), (pp. 6039-6044) (6 p.).
Folkers, G.E., Hanzawa, H. & Boelens, R. (2001). Zinc finger proteins. Handbook on Metalloproteins (pp. 961-1000) (40 p.). New York: Marcel Dether inc.
  2000 - Scholarly publications
Van Tilborg, P.J.A., Czisch, M., Mulder, F.A.A., Folkers, G.E., Bonvin, A.M.J.J., Nair, M., Boelens, R. & Kaptein, R. (01.08.2000). Changes in dynamical behavior of the retinoid X receptor DNA-binding domain upon binding to a 14 base-pair DNA half site. Biochemistry, 39 (30), (pp. 8747-8757) (11 p.).
Nooren, I M, Folkers, G E, Kaptein, R, Sauer, R T & Boelens, R (2000). Structure and dynamics of the tetrameric mnt repressor and a model for its DNA complex. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 17 Suppl 1, (pp. 113-22) (10 p.).
  1999 - Scholarly publications
Spronk, C A, Folkers, G E, Noordman, A M, Wechselberger, R, van den Brink, N, Boelens, R & Kaptein, R (15.11.1999). Hinge-helix formation and DNA bending in various lac repressor-operator complexes. EMBO Journal, 18 (22), (pp. 6472-80) (9 p.).
van Tilborg, PJA, Mulder, FAA, de Backer, MME, Nair, M, van Heerde, EC, Folkers, G, van der Saag, PT, Karimi-Nejad, Y, Boelens, R & Kaptein, R (16.02.1999). Millisecond to microsecond time scale dynamics of the retinoid X and retinoic acid receptor DNA-binding domains and dimeric complex formation. Biochemistry, 38 (7), (pp. 1951-1956) (6 p.).
^ top
Gegenereerd op 2017-06-27 09:08:43

Onderwijs

Vanaf mijn aanstelling in 1998 vervul ik onderwijstaken voor scheikunde binnen de derdejaarscursus structuurbiologie. Verder ben ik vanaf 2006 betrokken bij Biochemische analysemethode en heb hiervoor een collegeserie ontwikkeld. Tevens heb ik voor deze cursus meerdere practica ontwikkeld. In 2009 is de inhoud van deze cursus samengevoegd met biochemie II, ik ben nauw betrokken geweest bij de implementatie en ontwikkeling van de nieuwe cursus gene expression en protein engineering. Vanaf 2012 ben ik de coordinator van deze cursus.

Ik verzorg vanaf 2008 een deel van de interfacultaire mastercursus introduction to bioinformatics for molecular biologists. Vanaf de eerste keer dat deze curus gegeven werd ben ik betrokken bij deze cursus en mede betrokken geweest bij de invulling van deze cursus.

Vanaf 2005 verzorg ik het 1e jaarsproject tumoren en metastasen voor de opleiding Biomedische Wetenschappen.  Gekoppeld aan deze curus is het tutoraat van deze groep studenten gedurende de gehele bacheloropleiding. Verder begeleid ik sinds 2009 voor BMW een het tweedejaarsproject onderzoeksmethoden waarbij de studenten een onderzoeksvoorstel schrijven gerelateerd aan de master MCLS. Tenslotte geef ik sinds 2011 de Farmacie cursus geneesmiddelen binding en werking.

 

Begeleiding studenten bij researchprojecten

Voor het tweedejaars bachelor heb ik sinds meer dan 25 studenten begeleid bij een researchproject (7.5 ECTS). Verder heb ik sinds mijn aanstelling als UD in totaal 9 bachelorthesis projecten begeleid,. Verder heb ik sinds mijn aanstelling als UD 9 master studenten begeleid.

Gegenereerd op 2017-06-27 09:08:43
Additional functions and activities

Nevenfuncties

Ik ben aangesteld als BVF en ben verantwoordelijk medewerker en daardoor verantwoordelijk voor alle GGO aspecten binnen de sectie. Ik heb stralingsniveau III curus met succes behaald en ben sinds 2002 verantwoordelijk  voor het radionuclidenlab van het Bloembergen gebouw. Ben sinds 2004 BHVer en ben een aantal jaren AMCP geweest. Heb een cursus valoristie gevolgd en onderzoekt momenteel of een nieuw ontwikkelde methode geschikt is om te patenteren. Vanaf 2011 ben ik betrokken bij de mastervoorlichting voor de life science master MCLS en vanaf 2012 bij de bachelorvoorlichting

Medezeggenschap

Sinds 2009 ben ik actief betrokken bij de medezeggenschap van de faculteit, in deze periode heb ik mij met name bezig gehouden met financiele aspecten als voorzitter van de commssie FHB van de faculteitsraad. Ik heb voor het scheikunde departement in een aantal commissies gezeten die de huisvesting en het OBP gebruik binnen de verschillende scheikunde groepen onderzocht heeft. Vanaf september 2012 ben ik gekozen als U-raadslid waarbij ik zitting heb genomen in de financiele commissie

Gegenereerd op 2017-06-27 09:08:43
Full name
dr. G.E. Folkers Contact details
Nicolaas Bloembergen building
Padualaan 8
3584 CH Utrecht

Room 1.12
 
Phone: +31 30 253 9930
Phone (secr): +31 30 253 2652
Accessible via Kruyt Building -> first floor -> bridge to Sjoerd Groenman building

Gegenereerd op 2017-06-27 09:08:43
Last updated 13.06.2017