Emanuel van Dongen studeerde Nederlands recht aan de Universiteit van Tilburg (specialisatie Romeins recht; doctoraal 2005) en volgde vakken geschiedenis van het canoniek recht aan de Radboud University Nijmegen. Tijdens zijn studie was hij als student-assistent werkzaam bij de vakgroep Strafrechtswetenschappen aan de Universiteit van Tilburg. In 2006 werd hij docent bij de capgroep Metajuridica aan de Universiteit Maastricht. Hiernaast volgde hij nog een onderzoeksmaster (Research Master in Law) aan de Universiteit van Tilburg (voltooid in 2007). In 2007 werd hij junior onderzoeker aan de Universiteit Maastricht bij de capgroep Metajuridica (later: Grondslagen en Methoden van het Recht). Zijn promotores waren prof. dr. C.H. van Rhee en prof. dr. J. Hallebeek (VU Amsterdam). Het onderzoek en het uitmondende proefschrift zijn mede tot stand gekomen dankzij financiële steun van NWO. In juni 2013 promoveerde hij op een proefschrift over de rol en de invloed van de eigen schuld op de aansprakelijkheid van de laedens in een rechtshistorisch en rechtsvergelijkend perspectief. 

In 2013 werkte Van Dongen, in de afrondende fase van zijn dissertatie, enige maanden als buitengriffier bij het Gerechtshof ‘s-Hertogenbosch (sector civiel). Sinds augustus 2013 is Van Dongen verbonden aan het Molengraaff Instituut voor Privaatrecht, eerst als Universitair Docent en sinds 2022 als Universitair Hoofddocent. Hij is coördinator geweest van het Excellent Master Tracé (EMT) Privaatrecht, scriptiecoördinator van de masterscripties van de master Recht en Onderneming en Notariaat, coördinator van het Onderzoeks- en Scriptietraject van de master Privaatrecht, coördinator van het Afstudeerwerk privaatrecht en van Inleiding Privaatrecht 1. Hij is coördinator geweest van het Tutoraat van Rechtsgeleerdheid, lid van de Opleidingscommissie Bachelor, lid van de Legal Skills Academy,  programmacoördinator van de master Privaatrecht, voorzitter van de Examencommissie Bachelor en lid van het REBO Programmateam van Educate-it. Tegenwoordig is hij programmaleider van de master Privaatrecht en lid van de Senior Kwalificatie Onderwijs commissie.