Merel Jonker is gepromoveerd op het onderwerp kinderalimentatie. Zij vergeleek de kinderalimentatiestelsels van Nederland, Noorwegen en Zweden en onderzocht of de Scandinavische stelsels ter inspiratie konden dienen voor het Nederlandse stelsel.  In 2011 verscheen haar proefschrift met de titel 'Het recht van kinderen op levensonderhoud: een gedeelde zorg'. Voor dit proefschrift heeft zij de FJR-prijs gewonnen van de Vereniging Familie en Jeugdrecht.

Van 2011 tot 2013 werkte Jonker als postdoctoraal onderzoeker aan het Institute for Social Research in Oslo. Hier verrichtte zij rechtsvergelijkend onderzoek naar meervoudige discriminatie. In deze periode analyseerde zij oordelen van de Nederlandse Commissie Gelijke Behandeling en van de equality bodies in Noorwegen, Zweden en Denemarken.

In opdracht van het WODC heeft Jonker onderzoek gedaan naar de uitvoeringspraktijk bij inkomende zaken van internationale kinderontvoering, vermiste personen en het omgangsrecht van grootouders. Daarnaast heeft zij een door de vFAS gefinancieerd onderzoek uitgevoerd naar kinderalimentatie in co-ouderschapsituaties en doet zij samen met wiskundigen onderzoek naar de verdeling van kinderalimentatie in complexe gezinnen. In het kader van het strategische programma Dynamics of Youth is Merel Jonker betrokken bij het onderzoek Youth got talent, dat in samenwerking met geowetenschappen en interdisciplinaire wetenschappen wordt uitgevoerd.