In 2013 promoveerde Margreet cum laude op een dissertatie over de sociaal-culturele context van middelengebruik en seksueel gedrag van jongeren in meer dan 25 westerse landen. In haar huidige onderzoek richt ze zich op veranderingen in de gezondheid en het welzijn van jongeren in Europa en Noord-Amerika sinds het begin van de 21e eeuw. Ze richt zich in het bijzonder op sekseverschillen in de mentale gezondheid, het middelengebruik, seksuele gedrag en internetgebruik van jongeren.

Margreet maakt onderdeel uit van het internationale Health Behaviour in School-aged Children (HBSC) onderzoek en is hierbinnen voorzitter van de focusgroep over sekseverschillen en gendergelijkheid. Ze werkt nauw samen met de Wereldgezondheidsorganisatie (Regional Office for Europe) op het gebied van gezondheids- en welzijnsbevordering. In de afgelopen jaren heeft ze aan verschillende universiteiten gewerkt, waaronder Queen's University (Kingston, Canada), de University of California in Berkeley (Verenigde Staten) en de University of St Andrews (Verenigd Koninkrijk). Margreet is (co-)auteur van 45 wetenschappelijke artikelen in internationale, peer-reviewed tijdschriften (H-index 21).