Als onderzoeker is Joost Dankers vooral geïnteresseerd in de geschiedenis van het Nederlandse bedrijfsleven in internationaal perspectief. Samen met Bram Bouwens schreef hij een studie over de wijze waarop bedrijven de onderlinge concurrentie beperken door middel van belangenorganisaties, kartelvorming en fusies en overnames. Dit boek was onderdeel van het onderzoeksproject Bedrijfsleven in Nederland in de Twintigste eeuw (BINT) waar hij ook als projectleider bij betrokken was.

Zijn bijdrage aan het project BINT was mede gebaseerd op de ruime ervaring in bedrijfshistorisch onderzoek die Joost Dankers in de voorafgaande jaren had opgebouwd. Zo was hij onder meer betrokken bij studies geschreven in opdracht van Hoogovens IJmuiden, Rabobank Nederland, de Vereenigde Glasfabrieken en de Nederlandse Spaarbanken. Recent schreef hij ook een bijdrage voor een studie over Tata Steel Nederland. Daarnaast publiceerde hij tal van artikelen in internationale bundels en tijdschriften en presenteerde hij zijn onderzoek regelmatig op internationale congressen.

Op dit moment richt zijn onderzoek zich vooral op financiële crises, kartelvorming in internationaal perspectief en de maatschappelijke betekenis van historisch onderzoek in het algemeen.