Het onderzoek van Jorg Huijding richt zich voornamelijk op twee thema’s:
Zijn promotieonderzoek richtte zich op de rol van automatische associaties in het ontstaan en voortbestaan van angst en verslaving bij volwassenen. Na zijn promotie verschoof de focus geleidelijk richting de vraag hoe (vertekeningen in) de manier waarop we informatie verwerken een rol speelt in het ontstaan en voortbestaan van angst bij kinderen en agressie. Na zijn overstap naar de afdeling pedagogiek aan de Universiteit Utrecht breidde zijn onderzoek zich verder uit naar hoe informatieverwerking samenhangt met hoe ouders het gedrag van hun kind interpreteren, hoe zij hun eigen vaardigheid als ouder zien, en hoe dit samenhangt met opvoedgedrag. Daarnaast raakte hij betrokken bij onderzoek naar de ontwikkeling zelfregulatie bij (jonge) kinderen. Op dit onderwerp is hij betrokken bij twee promotieonderzoeken (waarvan een reeds afgerond) binnen het strategisch thema Dynamics of Youth waarin gebruik wordt gemaakt van gegevens uit het het YOUth cohort onderzoek.