Promotie: Chasing the chains by testing them twice Immunological insights from TCR repertoire analysis

Het afweersysteem in mensen en gewervelde dieren bestaat uit zowel de aangeboren als de verworven afweer. De verworven afweer werkt door middel van grote populaties van zeer specifieke B-cellen en T-cellen, die samen gevaarlijke binnendringers en beschadigde cellen onderscheiden van onschuldige eiwitten en gezonde cellen. Deze herkenning gebeurt door T-cellen via hun T-celreceptor. Door het repertoire van receptoren in kaart te brengen krijgen we dus inzicht in hoe de verworven afweer tot stand komt, en in hoeverre die behouden blijft.

In dit proefschrift bestuderen we met behulp van sequencing het repertoire van populaties T-cellen, bijvoorbeeld van de groep cellen die nog niet geactiveerd is. We onderzoeken waarom in het bloed van mensen sommige van deze receptoren veel meer voorkomen dan andere, en hoe dit verandert als mensen ouder worden. Daarnaast volgen we de immuunrespons die opgewekt wordt door een vaccinatie.

Uit elk van deze studies blijkt dat het een uitdaging is om een goed beeld te krijgen van het complete plaatje, omdat maar een klein deel voorkomt in de monsters die we onderzoeken. We lossen dit deels op door de informatie uit meerdere monsters slim te combineren. Verder onderzoeken we het T-celrepertoire in speciale muizen met een lage receptor-diversiteit. In deze muizen laten we zien dat T-cellen beter gedijen in de ene lymfeklier dan in de andere.

Samengevat beantwoorden we dus aan de hand van grote datasets belangrijke biologische vragen over de vorming en instandhouding van de verworven afweer in mens en dier.