tot

From antimicrobial resistant pathogens to the faecal resistome of humans and livestock.

ONLINE Promotie: Epidemiological analysis of antimicrobial resistance in the food chain in the metagenomics era

Samenvatting

Antimicrobiële resistentie (AMR) is gestegen ten gevolge van antimicrobieel gebruik (AMG) bij mensen en dieren. Resistente bacteriën – en de antimicrobiële resistentiegenen (ARG's) die zij bevatten – zijn alomtegenwoordig in onze leefomgeving. Niet alleen kunnen mensen rechtstreeks worden blootgesteld aan AMR-bacteriën afkomstig van vee, vee-bacteriën vormen tevens een mogelijke bron voor horizontale gen-overdracht waarbij humane bacteriële ziekteverwekkers ARG’s kunnen verwerven. Binnen het onderzoek naar determinanten voor humaan of dierlijk AMR-dragerschap is het van belang om ARG’s te bestuderen om daarmee de totale humane blootstelling aan – en het risico voor – AMR goed in te kunnen schatten.
Dit proefschrift beschrijft de epidemiologische analyse van AMR in de Europese voedselketen. Zo wordt onderzocht of AMG en AMR in vee AMR in mensen beïnvloedt en worden er determinanten geïdentificeerd voor AMR op genetisch niveau. Er wordt gekeken in hoeverre het fecale resistoom van vee – d.w.z. de volledige verzameling van ARG's in mest van vee – wordt beïnvloed door vee-gerelateerd AMG en bepaalde andere kenmerken van agrarische bedrijfsvoering zoals o.a. bioveiligheidsmaatregelen. Moleculaire technieken zoals qPCR en next-generation sequencing technieken (metagenome analyse) worden toegepast om overkoepelende boerderij-technische maatregelen te identificeren om het fecale resistoom van vee te reduceren. Daarnaast worden gegevens gegenereerd met betrekking tot de genetische eigenschappen van resistentie. Dit proefschrift richt zich tevens op de analyse van het fecale resistoom en bacterioom van personen die beroepsmatig contact hebben met vee zoals veehouders en slachthuismedewerkers. Deze bevolkingsgroepen worden niet alleen sterk blootgesteld aan AMR in vee, maar fungeren mogelijk ook als punt van overdracht voor AMR-bacteriën en ARG’s naar de algemene bevolking. Tenslotte worden in dit proefschrift de sterktes en beperkingen van het gebruik van metagenome methoden besproken ter ondersteuning van AMR-surveillance netwerken.

 

Begindatum en -tijd
Einddatum en -tijd
Locatie
Digitaal
Promovendus
L. Van Gompel
Proefschrift
Epidemiological analysis of antimicrobial resistance in the food chain in the metagenomics era
Promotor(es)
Prof. D.J.J. Heederik
Prof. J.A. Wagenaar
Co-promotor(es)
dr. H. Schmitt
dr. ir. L.A. Smit