27 mei 2019 van 14:30 tot 15:30

Promotie Bart van Beusekom

Improving protein structure with homology-based information and prior knowledge

Eiwitten zijn de moleculaire machines die het leven aansturen. Om ze goed te kunnen begrijpen, zijn gedetailleerde 3D eiwitstructuurmodellen nodig, die uniek inzicht geven in de biologie en daarmee onder andere nieuwe medicijnen helpen ontwikkelen. Het verkrijgen van betrouwbare eiwistructuurmodellen is echter moeilijk en arbeidsintensief. Daarom ontwikkelen wij software, PDB-REDO geheten, die duizenden eiwitstructuurmodellen optimaliseert zodat ze completer zijn en minder fouten bevatten waardoor ze ons de biologie beter doen begrijpen. Door automatisering wordt bovendien waardevolle tijd van wetenschappers bespaard. Onze website en webdiensten worden door meer dan 10,000 mensen per maand gebruikt.

De methoden die wij ontwikkeld hebben gebruiken veelvuldig het concept homologie. Homologe eiwitstructuren blijven op elkaar lijken gedurende evolutie. Bijvoorbeeld, de eiwitten die DNA kopiëren zijn bijna identiek in mensen en chimpansees, maar zelfs die van tomaten hebben een vergelijkbare 3D structuur. Wanneer al meerdere homologe structuren zijn opgelost en dan een nieuwe wordt opgelost, wordt de bestaande data meestal niet optimaal benut. Onze methoden zijn de eerste die systematisch alle homologe eiwitstructuurmodellen gebruiken om structuurkennis te verkrijgen en die gebruiken om structuurmodellen op verschillende manieren te verbeteren. De verzamelde data wordt ook getoond via een website (lahma.rhpc.nki.nl) zodat wetenschappers snel kunnen zien waar en hoe een structuurmodel verschilt van zijn homologen. Verder hebben wij ook methoden ontwikkeld die de koolhydraten en metaalionen in eiwistructuren aanpakken, zodat ook hier fouten verbeterd en verder voorkomen worden.

Dit werk zorgt ervoor dat veel wetenschappers eiwitstructuurmodellen makkelijker en beter kunnen oplossen.

Begindatum en -tijd
27 mei 2019 14:30
Einddatum en -tijd
27 mei 2019 15:30
Promovendus
L.M.J. van Beusekom
Proefschrift
Improving protein structure with homology-based information and prior knowledge
Promotor(es)
prof. dr. A.Perrakis
Co-promotor(es)
dr. R.P. Joosten