16 oktober 2019 van 10:30 tot 11:30

Promotie Oleg Klykov

Advancing Crosslinking Mass Spectrometry as a tool for deciphering the spatial organization of protein assemblies: from molecular machines to biopolymers

Eiwitten zijn moleculen die het merendeel van biologische processen binnen de cellen van alle levende organismen reguleren. Deze processen vereisen vaak een meer gecompliceerde organisatie; in plaats van één enkel eiwit, zijn er vele betrokken die met elkaar communiceren via eiwit-eiwitinteracties. Op dit moment zijn er al een aantal methoden voor het bestuderen van deze eiwit-eiwitinteracties, echter geen van hen is perfect. Ontbrekende informatie is hier meestal de oorzaak van.

Een ander interessant aspect van eiwitten is hun driedimensionale structuur, die vaak hun functie bepaalt. Het in kaart brengen van deze structuren is één van de belangrijkste taken in het veld van de structurele biologie. Kennis van de eiwitstructuur helpt om het functionele mechanisme van het eiwit te begrijpen en kan dienen als basis voor de ontwikkeling van geneesmiddelen.

Crosslinking 

Dit proefschrift behandelt de ontwikkeling van methoden en toepassing van crosslinking in combinatie met massaspectrometrie. Crosslinking massaspectrometrie is een relatief nieuwe techniek die zowel informatie kan opleveren over eiwit-eiwit interacties als over eiwitstructuren en is in hoge mate complementair aan de methoden in de klassieke structuurbiologie. Crosslinking massaspectrometrie heeft zich in de afgelopen jaren al zover ontwikkeld, dat het nu mogelijk is om aminozuren die zich in elkaars nabijheid bevinden in de eiwitstructuur te verbinden zonder de structuur te veranderen. Hiermee wordt inzicht verkregen in de structuur (verbonden aminozuren komen uit hetzelfde eiwit) of eiwit-eiwitinteracties (verbonden aminozuren komen uit verschillende eiwitten).

In mijn proefschrift beschrijf ik eerst de volledige workflow van crosslinking-massaspectrometrie toegepast op biologische monsters. Vervolgens presenteer ik een nieuw softwareplatform dat is ontwikkeld om uitgebreide crosslinking-massaspectrometriedata te visualiseren en te begrijpen. In de laatste hoofdstukken behandel ik succesvolle toepassingen van crosslinking-massaspectrometrie op grote moleculaire eiwit-eiwitinteracties, onder andere op degene die een rol spelen bij bloedstolling.

Begindatum en -tijd
16 oktober 2019 10:30
Einddatum en -tijd
16 oktober 2019 11:30
Promovendus
O.V. Klykov
Proefschrift
Advancing Crosslinking Mass Spectrometry as a tool for deciphering the spatial organization of protein assemblies: from molecular machines to biopolymers
Promotor(es)
prof. dr. A.J.R. Heck
Co-promotor(es)
dr. R.A. Scheltema