Joost Huijer is als universitair docent verbonden aan het Molengraaff Instituut voor Privaatrecht en is onderzoeker bij UCERF (Utrecht Centre for European Research into Family Law). Hij is gespecialiseerd in het functioneren van het systeem van kinderbescherming in Nederland.

In november 2020 is hij gepromoveerd op een onderzoek naar de juridische rechtvaardiging in de praktijk voor de inzet van een kinderbeschermingsmaatregel. Het als empirisch-juridisch te typeren onderzoek omvat een uitgebreide analyse van dossiers van de Raad voor de Kinderbescherming waarin wordt gekeken of, en zo ja hoe, de wettelijke vereisten in de praktijk worden toegepast. Daarnaast heeft hij in samenwerking met het Verwey-Jonker Instituut in 2018 de tussenevaluatie uitgevoerd van de Wet herziening kinderbeschermingsmaatregelen.

Als docent privaatrecht begeleidt hij met name studenten die willen afstuderen in de richting van het personen- en familierecht, geeft hij mastercursussen gericht op kinderbescherming en is hij als docent betrokken bij de minor jeugddelinquentie en jeugdbescherming. Ook heeft hij in samenwerking met em. hoogleraar I. Weijers een een juridische cursus opgezet voor medewerkers van de Raad voor de Kinderbescherming. In de cursus is aandacht besteed aan de grondslagen van kinderbescherming, het functioneren van het systeem van kinderbescherming onder de Jeugdwet, de rechtspositie van kinderen en ouders en knelpunten die zich kunnen voordoen bij een botsing van het migratierecht en het kinderbeschermingsrecht.