Wieger Bakker is als hoogleraar Maatschappijgericht Hoger Onderwijs verbonden aan de faculteit, Recht, Economie, Bestuur en Organisatie (REBO) en het departement Bestuurs- en Organisatiewetenschap (USBO). Van 2010 tot 2018 was hij directeur van de Bacheloropleiding Bestuurs- en Organisatiewetenschap. Van 2017 tot en met 2022 was hij voorzitter van het bestuur van het Centre for Academic Teaching van de Universiteit Utrecht . Sinds 1 december 2018 is hij dean for Lifelong Learning voor de Universiteit Utrecht.

De onderwerpen die zijn bijzondere aandacht hebben zijn onderwijs voor professionals (levenlang ontwikkelen), burgerschapsvorming in een pluriforme samenleving, internationale samenwerking in hoger onderwijs, diversiteit en onderzoek naar hoger onderwijs. Zie ook zijn oratie 'Opleiden voor de open samenleving. Bevorderen van maatschappelijk verantwoordelijkheidsbesef als educatieve opdracht' (2016).

Naast zijn werk binnen de Univesiteit Utrecht is hij adjunct directeur van het Inter University Centre Dubrovnik en gast hoogleraar aan de Masaryk Universiteit Brno. Medio 2020 is hij benoemd als buitengewoon hoogleraar Governance, Community and Cohesion aan de Universiteit van Aruba.