Mark Bovens studeerde staats-en bestuursrecht, politicologie en wijsbegeerte aan de Rijksuniversiteit Leiden en aan Columbia University Lawschool in New York (LL.M 1983).
Zijn afstudeerscriptie, over de rol van profielschetsen bij burgemeestersbenoemingen, werd in 1983 bekroond met Kluwer's Post Scriptumprijs. In 1987 introduceerde hij het begrip 'klokkenluiden' in Nederland en pleitte hij voor bescherming van klokkenluiders. Dit pleidooi werd nader uitgewerkt in zijn proefschrift Verantwoordelijkheid en organisatie waarop hij in 1990 in Leiden promoveerde.
In 1997 werd hij in Utrecht benoemd als hoogleraar, aanvankelijk met als leeropdracht Rechtsfilosofie en later ook met als leeropdracht Bestuurskunde. Daarvóór werkte hij in Leiden bij de vakgroepen Politieke Wetenschappen en Bestuurskunde. In 2000 was hij mede-oprichter van de USBO en werd hij full time hoogleraar Bestuurskunde.
In de afgelopen jaren verschenen van zijn hand meer dan twintig boeken en bundels op het terrein van politiek, openbaar bestuur, democratie en rechtsstaat, waaronder Understanding Policy Fiascoes (samen met P. 't Hart; Transaction 1996), The Quest for Responsibility (Cambridge University Press 1998), Success and Failure in Public Governance (samen met P. ‘t Hart & B. Guy Peters; Edward Elgar 2001), De digitale republiek (Amsterdam University Press 2003), The Real World of EU Accountability (met Deirdre Curtin en Paul 't Hart, Oxford University Press 2010) en Diplomademocratie (met Anchrit Wille, Bert Bakker 2011). Ook was hij medeauteur van het pamflet De verplaatsing van de politiek (Wiarda Beckmanstichting 1995) en van het handboek Openbaar bestuur (Kluwer 2007).
Hij ontving voor zijn werk een aantal onderscheidingen, waaronder de KNAW Reviewessay prijs, de Van Poeljeprijs, en de Professionele Publikatie Prijs van de Raad van Organisatieadviesbureau's. In 2008 werd hij door de Nederlandse Onderzoeksschool voor de Bestuurskunde (NOB) uitgeroepen tot promotor van het jaar.
Hij is lid van de KNAW, voorzitter van de Sociaal Wetenschappelijke Raad, en als gasthoogleraar verbonden aan het Department of Political Science van de Research School of Social Sciences van de Australian National University in Canberra. In 2012 zal hij als Jacques van Doorn fellow verbonden zijn aan het NIAS en op de EUR de Jacques van Doorn leerstoel bekleden.
Hij was in het verleden als beleidsmedewerker gedetacheerd bij de ministeries van V&W en Justitie en was de afgelopen jaren lid van een aantal adviescommissies, onder andere op het gebied van ICT & overheid, grondrechten, en overheidsaansprakelijkheid. In 2001 en 2002 leidde hij een van de deelonderzoeken in het kader van de Parlementaire Enquete Bouwnijverheid. Hij publiceert over de Kunst van het besturen in de Staatscourant.