Bachelor- en masterstudente publiceren onderzoek honourstraject en stage

Masterstudente Dominique Hagemans en bachelorstudente Ianthe van Belzen zijn de eerste en tweede auteur van een publicatie in Frontiers die in 3 weken tijd al ruim 190 keer is bekeken. Samen ontwikkelden zij een script dat in computersimulaties van grote eiwitten met kleuren aangeeft welke atomen positief geladen, negatief geladen of hydrofoob zijn. Die informatie is belangrijk, omdat hier eventuele interacties met andere eiwitten kunnen plaatsvinden. “Een mooi voorbeeld van hoe ons bachelor- en masteronderwijs studenten met ambitie al vroeg in staat stelt een waardevolle bijdrage aan de wetenschap te leveren”, aldus hun trotse begeleider dr. Stefan Rüdiger (Scheikunde).

Met de tot dan toe beschikbare software kon òf de lading òf het hydrofobe karakter van de atomen zichtbaar gemaakt worden, maar niet beide. Dominique pakte de suggestie van Rüdiger op om voor haar onderzoek naar Hsp90 te proberen die twee te combineren. “Zij zag de mogelijkheden die dit bood en heeft hier het maximale uitgehaald”, aldus Rüdiger. “Daardoor zien we nu in één keer wat de samenstelling van het oppervlak van Hsp90 is, wat essentieel is om het functioneren te begrijpen.” Hsp90 is een belangrijk eiwit in de cel, omdat het andere eiwitten helpt zichzelf goed te vouwen. Als Hsp90 niet goed functioneert, kan dit onder meer leiden tot de ziekten van Alzheimer en Parkinson, en sommige vormen van kanker.

Ongelooflijk slim

Ianthe raakte bij het onderzoek betrokken toen ze, als onderdeel van het honourstraject tijdens haar eerste jaar Molecular Life Sciences, met Dominique ging meelopen om wat van het labwerk te leren. “Maar toen zij mij haar script liet zien, leek het mij veel leuker daaraan mee te werken. Ik heb een jaar Kunstmatige Intelligentie gestudeerd en ook op de middelbare school al geprogrammeerd.” Ianthe veralgemeniseerde het script, waardoor het op ieder willekeurig eiwit toepasbaar is. “Zij had al wel programmeerervaring maar dan nog, ze is gewoon ongelooflijk slim”, vertelt Rüdiger.

Heel veel van geleerd

Het idee om hun werk te publiceren kwam op tijdens het jaarlijks symposium van het Bijvoet Centrum. Daar toonde een Amerikaanse visiting professor uit het vakgebied zich zeer geïnteresseerd in de posterpresentatie van Dominique. “Oké, dan moeten we het ook maar opschrijven”, vond Rüdiger.  Dominique en Ianthe gingen enthousiast de uitdaging aan om het paper zelf te schrijven. “Het was heel veel werk, maar erg leuk en ik heb er heel veel van geleerd”, vertelt Dominique. “Niet alleen het schrijven van het artikel, maar ook alle stappen in zo’n publicatieproces zijn een hele belevenis om mee te maken”, vult Ianthe aan.

Precies wat ik zocht

Dominique, inmiddels in het tweede jaar van haar master Molecular and Cellular Life Sciences, weet al dat ze graag wil promoveren. Ianthe, nu tweedejaars bachelor, is erg tevreden met haar overstap naar de bachelor Molecular Life Sciences. “Deze opleiding is precies wat ik zocht. Vanuit hier kan ik uit heel veel masterprogramma’s kiezen, bijvoorbeeld richting computational biologie of bio-informatica. Programmeren kon ik al, maar ik vond het heel interessant om nu eens te zien wat je daarmee voor elkaar kunt krijgen.”    

Publicatie

‘A script to highlight hydrophobicity and charge on protein surfaces’,
Dominique Hagemans, Ianthe A.E.M. Van Belzen, Tania Morán Luengo en Stefan G. D. Rüdiger
Frontiers in Molecular Biosciences, 13 oktober 2015 | http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2015.00056

Life Sciences

Dit onderzoek is onderdeel van Science for Life, dat behoort tot het strategisch thema Life Sciences van de Universiteit Utrecht.